Доцент Б. Г. Тявкин был назначен и.о. заведующего кафедрой, доцент И. Ф. Карнаухов – заместителем директора по учебной и научной работе и главным инженером мастерских института. Коллектив кафедры жил на казарменном положении при институте, завершая учебную работу, подготавливая оборудование кафедры к эвакуации, неся пожарную службу и работая по ремонту двигателей армейских тракторов, который был организован с помощью состава, прикомандированной армейской части в помещениях кафедры тракторов и автомобилей (обкатка, регулировка и испытания двигателей) и кафедры ремонта машин (ремонт двигателей). Коллектив кафедры и особенно механик П. Е. Новиков и лаборант Ф. Г. Казимирчук своим героическим трудом сделали значительный вклад в дело организации и проведения ремонта большого количества армейских машин.

Осенью 1941 г. кафедра вместе с институтом была эвакуирована в Казахстан, в г. Кзыл-Орду. Из состава кафедры в Кзыл-Орду выехали доценты Б. Г. Тявкин (заведующий кафедрой) и И. Ф. Карнаухов, работавший в эвакуации ректором института, а позднее – доценты В. И. Анохин и Г. И. Трубников, работавший в институте до этого на кафедре деталей машин. В Кзыл-Орде институт был размещен на базе местного сельскохозяйственного техникума, где немногочисленным составом кафедры с помощью студентов в кратчайший срок после приезда были развернуты все виды учебных занятий.

В учебных кабинетах кафедры не хватало оборудования, поэтому часть занятий проводилась в ремонтных мастерских местной МТС и оттуда заимствовалось неиспользуемое оборудование и агрегаты из Москвы списанный неисправный автомобиль ГАЗ-АА силами кафедры был отремонтирован и переоборудован на питание керосином и широко использовался, как для учебных и практических занятий, так и для обслуживания нужд института на вывозке топлива (саксаул) и других грузов.

Несмотря на значительные трудности, занятия со студентами проводились по полной программе и в соответствии нормальным учебным планом.

Небольшой коллектив кафедры, живя в тяжелых бытовых условиях и работая с предельной педагогической нагрузкой, как и другие кафедры и студенчество, оказывал большую производственную помощь городским организациям, МТС и предприятиях области. Преподаватели и студенты активно участвовали в проведении весенних полевых работ, уборке урожая проведении зимнего ремонта сельскохозяйственной техники.

Кафедрой осуществлялась большая помощь в подготовке механизаторских кадров, в переоборудования бензиновых автомобильных двигателей для работы на керосине, был спроектирован и построен ряд газогенераторных установок для работы на местном древесинным топлива и др.

Большая часть сотрудников кафедры находилась в рядах действующей армии. Основная тематика научно- исследовательских работ, проводимых в это время немногочисленным научным составом кафедры (Б. Г. Тявкин, Г. И. Трубников, В. И. Анохин, и.о. ректора И. Ф. Карнаухов), была посвящена помощи производству, в том числе замене дефицитных топлив. Одна из работ по переводу бензиновых автомобильных двигателей на керосин и твердое топливо с использованием газогенераторных установок была отмечена соответствующими наградами Правительства Казахской CCP.

В 1943 г. институт возвратился в Москву. Наряду с большой работой по восстановлению кафедры, ее оборудования, налаживания педагогического процесса коллектив продолжал научные исследования.

В конце Великой Отечественной войны на кафедру возвратился В. Н. Болтинский. Доцент Г. И. Седов был назначен директором МИМЭСХ, а доцент И. Ф. Карнаухов заместителем директора по учебной и научной работе. На кафедру возвратились из рядов армии доценты А. И. Курганов, В. Н. Косарев, Е. М. Любинский.