Екатерина и Потемкин прилагали большие усилия для заселения причерноморских земель русскими и украинскими крестьянами, а также колонистами из различных европейских стран – немцами, сербами, греками и т. п.
Запорожское войско стало инородным телом внутри Российской империи.
Крымское ханство стало независимым от Турции, и в Крыму был дислоцирован «огромный контингент русских войск». Таким образом, полностью отпала всякая угроза татарских набегов.
Князь Потемкин планировал постройку крупных городов в низовьях Днепра, а Запорожское войско стало мешать Светлейшему в создании Новой России, и Потемкин буквально заставил императрицу уничтожить Запорожскую Сечь.
Необходимость этой меры Потемкин мотивировал самозахватом казаками непринадлежавших им земель, грабежами населения Новороссийской губернии, насильственным уводом в земли войска 8 тысяч «мужского и женского пола людей» (кого казаки действительно уводили силой, а кто и сам к ним бежал).
У Потемкина, разумеется, были и другие мотивы упразднения Сечи. Так, запорожцы препятствовали уничтожению лесов в своих владениях. А лес был крайне нужен на строительство флота и новых городов. Наконец, Светлейшему нужно было очень много денег как на флот и Новую Россию, так и на содержание своего огромного двора и различные чудачества. А у казаков была богатая казна. 20 апреля 1776 г. Потемкин докладывал Екатерине, что при уничтожении Сечи захватил 120 тысяч рублей золотом (то есть огромную по тем временам сумму). А сколько еще сумели увезти казаки, и сколько тысяч утаил от матушки Светлейший? Да и те 120 тысяч Потемкин просил у императрицы пустить на строительство новых городов, то есть отдать ему в бесконтрольное пользование. На докладе рукой императрицы было начертано: «Быть по сему».
5 июня 1775 г. по приказу Потемкина войска генерала П. А. Текелли вошли в Запорожскую Сечь. Ликвидация Сечи прошла мирно. Отношение к казацкой верхушке у Екатерины и Потемкина было дифференцировано – кто-то окончил свои дни в дальних монастырях, кто-то получил офицерский чин и исправно делал карьеру далее. Однако все материалы о ликвидации Запорожской Сечи были засекречены, а к настоящему времени либо утеряны, либо лежат в архивах по грифом «секретно» или «сов. секретно».
Значительная часть запорожцев отказалась служить царице и решила уйти в Турцию. Они группами по 50 человек стали обращаться к генералу Текелли с просьбой выдать «билет» (то есть разрешение отправиться ватагой на заработки). Простодушный серб обрадовался: «Ступайте, запорожники, с Богом… Зарабатывайте себе». Билет выдавался на 50 человек, но к каждой группе присоединялось еще несколько десятков казаков. Все они потихоньку добрались до турецких владений.
Чтобы избежать конфликта с Россией, султан повелел запорожцам селиться не на границе, а в устье Дуная на Георгиевском острове и в его окрестностях. Турки стали называть запорожцев Буткальскими казаками. Однако вскоре запорожцы поссорились с соседями – казаками Некрасовцами (потомками донских казаков, ушедших к туркам после разгрома Булавинского восстания). Тогда турки перевели запорожцев выше по Дунаю в окрестности крепости Гирсово, в урочище Сеймены.
Следует заметить, что меньшая часть «неверных» запорожцев в ходе войны 1787–1792 гг. перешла на сторону русских, но большинство храбро сражались в турецкой армии. Как ни прискорбно, но запорожцы решительно подавляли антитурецкие восстания в Османской империи. Так, в 1820 г. в ходе греческого восстания, когда Байрон сражался вместе с повстанцами, запорожцы были на стороне турок. В 1822 г. пятьсот запорожцев под началом кошевого атамана Мороза устроили резню греков на острове Хиос, там кошевой и сложил свою буйную головушку.