Ключом к радикальной реконструкции было решено определить территории вдоль реки, освобождаемые от производственных и портовых функций. Согласно плану, река превращается в структурирующую ось агломерации.

Принятые в 1992 году Градостроительная программа и Стратегический план обозначили четыре основные цели. Во-первых, усиленное развитие получала транспортная инфраструктура связи между муниципалитетами. Во-вторых, следовало очистить реку и ее дно, осуществить программу улучшения ситуации в области образования, культуры и досуга. Подготовить специалистов, сделать город более привлекательным для проживания и туризма, улучшить его международный имидж.

Для достижения этих целей в 1992 году была учреждена Bilbao Ria 2000, особая администрация, объединившая усилия правительств Испании, Баскской автономии, Совета провинции Бискайя, городских советов Бильбао и соседнего Баракальдо, и выступившая посредником между государством и бизнесом. Эта администрация была почти сразу же преобразована в акционерное общество, и важнейшим инструментом модернизации Бильбао стали широкомасштабные инфраструктурные, планировочные и архитектурные проекты.

Bilbao Ria 2000 первоначально столкнулась с недоверием частных инвесторов, однако компании удалось склонить администрации порта и железной дороги уступить права на несколько городских участков, в обмен на строительство нового порта в устье реки и прокладку железнодорожной ветки в обход центра. Переход ранее производственных территорий под контроль Bilbao Ria 2000 позволил компании успешно реализовать первый проект – перепродажу участков прежней железнодорожной товарной станции под жилищное строительство. Полученные доходы сразу же были инвестированы в последующие проекты. Сильным стимулом к развитию рынка недвижимости стало строительство музея Гуггенхайма, порученное архитектору Фрэнку Гери, что обеспечило международный интерес к проекту. Ежегодно музей (не только и не столько коллекция, сколько само здание с его необычными формами) привлекает до 800 тысяч туристов. Значительный финансовый вклад в реализацию крупномасштабных проектов внес Европейский Союз, что создало гарантию надёжности Bilbao Ria 2000, обеспечив приток частных средств в сферу строительства. Вторым крупным участником процесса модернизации Большого Бильбао стала корпорация Metropoli 30, учреждённая в 1991 году властями автономии и объединившая муниципалитеты провинции Бискайя и около сотни частных компаний.

Проект здания музея Гугенхейма был закзан Фрэнку Гери в качестве надежного средства привлечь внимание к ранее мало известному городу.

Проектирование метро было заказано британскому консорциуму, и две его линии были созданы под руководством другого архитектора с мировым именем – Норманна Фостера. Новый аэропорт был создан еще одной знаменитостью – архитектором Сантъяго Калатравой. Реконструкция транспортной инфраструктуры продолжена прокладкой новых трамвайных линий, и строительством мостов, способных пропускать морские суда.

В центральной части города разбит парк Рибера, связанный с расположенным по соседству парком Итурришар, обустроен трехилометровый променад вдоль реки, от Дворца конгрессов до здания городской ратуши. Через Нервион перекинут пешеходный мост, соединивший территорию Абандоибарра с университетским комплексом на противоположном берегу. В настоящее время Бильбао приступает к реализации новых крупных проектов, среди которых выделяется реконструкция прибрежной территории в городе Баракальдо, а также промзоны Шоррошаурре, расположенных ниже по течению Нервиона. Застройка Шорроушаре осуществляется по генеральному плану, который разработан еще одной «звездой» мировой архитектуры – Захой Хадид.