Следующий уровень представляют собой различные муниципальные учреждения, ответственные за планирование и развитие крупных городах страны. Они обычно принимают форму районной управы (например, the Governate Каира, Communauté Urbaine в Дакаре, the Gouvernorat de District в Бамако и пр.). Планирование и проектирование услуг МСУО осуществляется этими учреждениями. Они получают годовой операционный бюджет от центрального министерства и вообще не взимают плату за свои услуги. Они, как правило, не имеет права взимать налоги. В то же время есть несколько заметных исключений. Например, в Аккре (Гана) отдел, ответственный за обращение ТО, имеет право увеличивать и сохранять свои доходы за счет прямых сборов с пользователей. В Конакри (Гвинея) и Лагосе (Нигерия) муниципальные учреждения увеличивают доходы за счет непосредственных пользователей.

Муниципальные организации несут ответственность за осуществление плана МСУО в соответствующем городе. Таким образом, в сотрудничестве с центральными министерствами или национальными агентствами по окружающей среде, они создают необходимые условия, закупают необходимое оборудование и нанимают необходимый персонал для эксплуатации и обслуживания системы. Бюджет таких учреждений, как уже было показано, как правило, формируется за счет средств Центрального казначейства или общих муниципальных средств, их часто оказывается не достаточно, что сказывается на эффективности МСУО очевидно негативно.

Фактическое выполнение изо дня в день операций МСУО осуществляется благодаря совместным усилиям муниципальных работников и частных подрядчиков. Последние предоставляют услуги по сбору ТО за определенную плату. В Кот-д'Ивуаре, Гане, Южной Африке и Танзании, местные власти реализуют инициативы, в соответствие с которыми сбор ТО на территории всего города или его части осуществляют частные операторы. При этом, кооперативы и общественные группы также могут быть вовлечены в сбор, переработку и компостирование ТО. Например, в Котоне, Бенин, общественные группы участвуют в процессе сбора в рамках подписанных с муниципальным агентством договоров.

В ряде случаев, Министерство охраны окружающей среды разделяет ответственность за управление ТО с министерством здравоохранения и министерством общественных работ. Однако, контроль за соблюдением правил в этой сфере по-прежнему проводится нерегулярно. Это отрицательно влияет на производительность системы.

Некоторые из крупных городов в Южной Африке прикладывают большие усилия к созданию собственных МСУО. Они находятся в ведении муниципальных органов. Кроме того, эти системы поддерживаются и подотчетны образовательным учреждениями и профессиональным организациями, действующим в области управления ТО. В Южной Африке есть также частные полигоны. Многие из них предназначены для промышленных и опасных отходов. В целом, однако, примеры частной собственности и / или эксплуатации объектов МСУО редки на континенте.

В 2003 году Южная Африка ввела налог на полиэтиленовые пакеты для уменьшения нежелательного мусора. В 2009 году министр финансов в своем докладе о бюджете заявил об увеличении налога на полиэтиленовые пакеты и введении налога на лампы накаливания для производителей и импортеров. Ожидалось, что налог на полиэтиленовые пакеты принесет в бюджет 2,2 млн долларов США, а налог на лампы накаливания – дополнительно 3 млн долларов США. Политика Южной Африки подвигла другие страны, такие, как Ботсвана, принять аналогичные регулирующие меры. [123]

Таким образом, администрирование является «слабым местом» МСУО в Африке. Негативно влияют на систему ограниченное финансирование и законодательно установленные ограничения на формирование доходной части за счет регулирования тарифов на услуги в области ТО, а также слабо налаженная обратная связь с общественностью и профессиональными организациями, значение которых трудно переоценить на этапах планирования, оценки и модернизации системы. Наряду с этим есть реальные примеры роста эффективности системы в нескольких городах – прежде всего, за счет практики возмещения расходов муниципалитетов через развитие гибкой системы налогов и сборов для пользователей услуг сектора, повышения роли частных предприятий и общественных организации в обеспечении МСУО услуг, начиная от первичного сбора до переработки, компостирования и окончательного удаления ТО.