Горячей фазе конфликта предшествовала, так сказать, идеологическая подготовка. Еще в декабре 1988 года на многотысячном митинге в Ташкенте можно было видеть транспаранты вроде «Русские уезжайте в свою Россию, а крымские татары – в Крым», а в поселениях Ферганской долины распространялись листовки на узбекском языке с требованием «очистить от турок Ферганскую долину».

18 марта 1989 года на сходе в селе Лыхны Абхазской автономной республики, входившей в состав Грузинской ССР, 30 тысяч местных жителей потребовали выхода Абхазии из состава Грузии и восстановлению ее в статусе союзной республики в составе СССР, которой она де-юре являлась до 1931 года. В связи с этим представители различных грузинских общественных организаций устроили многодневный несанкционированный митинг перед домом правительства в Тбилиси. К 6 апреля 1989 года выступления его участников, в числе которых был и будущий первый президент Грузии Звиад Гамсахурдия, приобрели откровенно антисоветский характер, стали выдвигаться требования о выходе из состава СССР. В это же время организаторы митинга стали собирать отряды, которые вооружались палками, камнями, цепями и другими подручными средствами. Был начат сбор средств для приобретения огнестрельного оружия. Общее количество участников митингов на ограниченных территориях у Дома правительства и здания телестудии составило по приближенным оценкам 8—10 тысяч человек. Руководство республики считало, что справиться с массовыми выступлениями населения, имеющимися наличными силами внутренних войск и милиции невозможно; такое мероприятие можно было осуществить при условии введения комендантского часа, для чего необходимо привлечь дополнительные воинские подразделения. Поэтому им было принято решение обратиться за помощью к союзным органам. В Тбилиси были направлены части Советской армии: 4‑й мотострелковый полк ОМСДОН Внутренних войск (650 человек), воздушно-десантный полк (440 человек), отряды ОМОНа и милиции из разных городов. Митинг был оцеплен войсками и милицией. В 2 часа 30 минут 9 апреля к митингующим обратился начальник УВД г. Тбилиси полковник Гвенцадзе с призывом разойтись. Затем к митингующим обратился Католикос Грузии Илия II.

После неоднократных призывов разойтись по домам к протестующим была применена сила. В 4 часа утра 9 апреля генерал Игорь Родионов приказал начать вытеснение митингующих с площади. С выходом войск на исходные позиции митингующие начали покидать площадь, однако достаточного времени на их рассредоточение не было предоставлено. При этом не было также принято во внимание и то, что почти все выходы с площади были перекрыты автотранспортом, т. е. пути эвакуации были резко ограничены. В результате возникла паника и массовая давка. 6 участников митинга погибли на месте происшествия, а трое вскоре скончались в больнице. Как установила судебно-медицинская комиссия, причиной смерти всех, кроме одного, погибших являлась асфиксия в результате сдавливания грудной клетки в толпе.

Для расследования событий, происшедших в грузинской столице 9 апреля 1989 года, Съездом народных депутатов СССР была создана комиссия, председателем которой был избран Анатолий Собчак. Комиссия отметила, что предпосылки трагических событий в Тбилиси складывались на протяжении длительного времени. В них проявились кризисные явления, охватившие многие сферы государственного управления и общественной жизни в республике и в стране в целом. Также комиссия пришла к выводу об избыточном применении военными силы против демонстрантов.

Однако противостояние центральных властей Грузии и Абхазской АССР на этом не закончилось, и 15–16 июля 1989 года в Сухуми произошли кровавые столкновения между грузинами и абхазами (16 погибших). Руководство республики тогда сумело урегулировать конфликт и произошедшее осталось без серьезных последствий.