Опасаясь потерять контроль над ситуацией, 11 января ЦК Литовской Компартии сформировал Комитет национального спасения (действовал до конца января), который взял на себя ответственность за урегулирование кризиса. После нескольких попыток убедить лидеров «Саюдиса» прекратить антисоветскую пропаганду и «искусственно нагнетать напряженность» комитет обратился за помощью по установлению контроля над телевидением и радио к МВД СССР и руководству Вильнюсского гарнизона. В Литву были направлены военнослужащие спецподразделения «Альфа» и части ВДВ. 12 января советские солдаты взяли под контроль ряд объектов в Вильнюсе.

У телебашни несли дежурство до 5 тыс. человек, включая вооруженных сотрудников службы безопасности республики. Дороги к телецентру были перекрыты грузовыми машинами и другой техникой. В ночь на 13 января 1991 года группа «Альфы» штурмом взяла телецентр и удерживала его до подхода внутренних войск. В ходе операции погибли 14 человек, включая офицера «Альфы» Виктора Шатских (смертельно ранен выстрелом в спину). Пострадали, по разным оценкам, от 500 до 700 человек, большая часть – в результате давки, возникшей после предупредительных выстрелов прибывших к зданию телецентра танков. Президент СССР Михаил Горбачев и министр обороны Дмитрий Язов заявили о своей непричастности к действиям военнослужащих. Однако, по оценке следствия, люди у телебашни были убиты советскими солдатами. Впрочем, ветераны «Альфы» настаивали на том, что при штурме использовались холостые патроны, а огонь на поражение велся снайперами с крыш домов. «Неизвестные снайперы» вообще часто используются организаторами «цветных революций» и государственных переворотов для превращения уличных противостояний в кровопролитие, а также иллюстрации «зверств режима» в мировых СМИ. «Можно утверждать, что развал СССР начался со снайперского огня в Вильнюсе, когда в стрельбе по демонстрантам обвинили советских военных, – пишет юрист Максим Мирошниченко в статье «Роль частных военных компаний и «неизвестных» снайперов в осуществлении «цветных революций». – Правда, новая литовская власть долгое время старательно замалчивала тот факт, что выстрелы были сделаны из новейших винтовок «маузер», не состоявших на вооружении Советской армии и спецслужб»9.

События у вильнюсской телебашни вызвали большой резонанс в Советском Союзе и мире, их тогдашняя официальная версия стала весомым аргументом в пользу объявления Литвой независимости.

Похожим образом развивались события в Латвийской ССР. 4 мая 1990‑го Верховный совет республики принял Декларацию о восстановлении независимости, и в стране так же, как и в соседней Литве, возникло двоевластие: действовали все структуры СССР, а парламент и правительство формировали параллельно структуры Латвийской Республики. В частности, одновременно функционировали отряды милиции, подчинявшиеся МВД Латвийской Республики, и отряды милиции особого назначения, находившиеся в ведении МВД СССР. Сосуществование силовых структур с разными центрами управления не могло не привести к конфликту. Он разразился в начале января 1991 года. 2 января по приказу МВД СССР и по просьбе ЦК Коммунистической партии Латвии подразделение рижского ОМОНа «Черные береты» взяли под контроль рижский Дом печати – партийное издательство, национализированное правительством Латвии. 13 января, после получения информации о занятии советскими войсками телецентра в столице Литвы городе Вильнюсе, была созвана дума Народного Фронта Латвии (НФЛ), принявшая решение о ненасильственном сопротивлении. После призыва собраться на вселатвийскую манифестацию в Ригу в течение нескольких часов съехалось более полумиллиона человек со всей республики. В ночь с 13 на 14 января на улицах города были возведены баррикады. Сигналом к началу сопротивления стал костер, который загорелся на Домской площади.