Раздел 13 посвящен производству в суде второй инстанции. Глава 43 (ст. 354–360) рассматривает вопросы апелляционного и кассационного обжалования судебных решений, не вступивших в законную силу, в том числе право и порядок обжалования, восстановления пропущенного срока, пределы рассмотрения уголовного дела судом апелляционной и кассационной инстанции.

Глава 44 (ст. 361–372) рассматривает апелляционный порядок рассмотрения уголовного дела и является новеллой уголовно-процессуального закона (по сравнению с УПК РСФСР), вызванной введением института мировых судей. В этой главе устанавливается предмет судебного разбирательства в апелляционном порядке, понятие апелляционной жалобы и представления, порядок назначения и подготовки заседания суда апелляционной инстанции, производство судебного следствия и последующих стадий, порядок обжалования приговора и постановления суда апелляционной инстанции.

В заключительной главе данного раздела (гл. 45, ст. 373–389) определяется кассационный порядок рассмотрения уголовного дела, предмет судебного разбирательства в суде кассационной инстанции, сроки и порядок рассмотрения дела, виды решений, принимаемых судом кассационной инстанции, основания отмены или изменения судебного решения в кассационном порядке, в том числе особенности отмены оправдательного приговора. Рассматривается содержание кассационного определения и порядок повторного рассмотрения дела судом кассационной инстанции.

Раздел 14 посвящен исполнению приговора. В гл. 46 (ст. 390–395) рассматриваются вопросы обращения к исполнению приговоров, определений и постановлений судов. Устанавливаются сроки обращения к исполнению и порядок обращения к исполнению, провозглашается, что приговоры, определения и постановления вступившие в законную силу, обязательны для исполнения на всей территория Российской Федерации. Установлен порядок обращения к исполнению и извещения об этом заинтересованных лиц.

В главе 47 (ст. 396–401) регламентируется производство рассмотрения и разрешения вопросов, связанных с исполнением приговора. Установлены, какие суды рассматривают возникающие вопросы, порядок рассмотрения возникающих вопросов и ходатайств о снятии судимости.

Раздел 15 рассматривает вопросы связанные с пересмотром вступивших в законную силу приговоров, определений и постановлений суда.

Глава 48 (ст. 402–412) посвящена производству в надзорной инстанции и определяет, в частности, какие суды вправе рассматривать такие дела, порядок принесения надзорных жалоб и представлений и их рассмотрения. Весьма важно установление о том, что при пересмотре судебных решений в порядке надзора недопустим поворот к худшему. Рассмотрены основания отмены и изменения решений, вступивших в законную силу.

Глава 49 (ст. 413–418) рассматривает вопросы возобновления производства по уголовному делу ввиду новых или вновь открывшихся обстоятельств, основания возобновления, сроки и порядок возобновления, действия прокурора по окончании проверки и расследования, рассмотрение судом вопроса о возобновлении производства и производство после отмены судебных решений.

Часть четвертая включает два раздела, состоящие из 3 глав, и посвящена Особому порядку уголовного судопроизводства.

Раздел 16 включает особенности производства по отдельным категориям уголовных дел.

Глава 50 (ст. 420–432) рассматривает производство по уголовным делам в отношении несовершеннолетних и регламентирует порядок производства, определяет обстоятельства, подлежащие доказыванию по делам этой категории, расширяя обстоятельства, указанные в ст. 73 (разд. 3, гл. 10) с учетом особенности несовершеннолетних, регламентирует порядок задержания подозреваемого и избрания несовершеннолетнему меры пресечения, порядок производства на досудебных и судебных стадиях, устанавливает вопросы, подлежащие разрешению в приговоре и связанные с освобождением несовершеннолетнего подсудимого от наказания.