Основы организации деятельности уголовно-исполнительной системы Минюста России (УИС) определяются в УИК РФ и специальном Законе – «Об учреждениях и органах, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы» от 21.07.1993 г. № 5473-1. В соответствии со ст. 5 этого Закона уголовно-исполнительная система включает в себя:

1) центральный орган управления уголовно-исполнительной системой – Федеральная служба исполнения наказаний Минюста России (ФСИН);

2) окружные (в федеральных округах) и территориальные (в субъектах Федерации) органы уголовно-исполнительной системы;

3) учреждения и органы, исполняющие наказания: исправительные учреждения (в уголовно-исполнительной системе насчитывается более 800 учреждений), арестные дома, исправительные центры, уголовно-исполнительные инспекции (2441 инспекция, в которых на 1 июня 2006 г. состояло на учете 598 236 осужденных);

4) следственные изоляторы (СИЗО). В уголовно-исполнительной системе действует 217 СИЗО и более 153 ПФРСИ (помещений исправительных колоний, функционирующих в режиме следственных изоляторов). Для обеспечения деятельности уголовно-исполнительной системы, по решению Правительства РФ, в ее состав могут также включаться различные предприятия, организации, медицинские, учебные, научно-исследовательские и иные учреждения.

Основными задачами уголовно-исполнительной системы являются:

1) исполнение уголовных наказаний и иных мер уголовно-правового характера;

2) обеспечение содержания под стражей подозреваемых и обвиняемых в совершении преступлений;

3) обеспечение правопорядка в учреждениях и безопасности содержащихся в них осужденных, персонала и иных лиц;

4) привлечение осужденных к труду. В уголовно-исполнительную систему входят около 750 промышленных, лесозаготовительных и сельскохозяйственных предприятий. Но все же по состоянию на 1 июня 2006 г. в исправительных учреждениях не работало по разным причинам 339,3 тыс. человек. Их удельный вес от общего числа осужденных составляет 51,4 %, в том числе не работало по причине непредоставления работы 36,1 тыс. человек (5,5 % от их среднесписочной численности). Фактический среднедневной заработок составляет 58 руб. 70 коп.;

5) обеспечение основного общего образования осужденных и их профессиональной подготовки. В уголовно-исполнительной системе действуют около 400 общеобразовательных школ и учебно-консультационных пунктов, более 400 профессиональных училищ и их филиалов;

6) обеспечение охраны здоровья осужденных. Для медицинского обслуживания осужденных в уголовно-исполнительной системе организуются лечебно-профилактические учреждения (больницы, специальные психиатрические и туберкулезные больницы) и медицинские части (около 300 учреждений). Для содержания и амбулаторного лечения осужденных, больных открытой формой туберкулеза, алкоголизмом и наркоманией, создаются лечебные исправительные учреждения;

7) содействие органам, осуществляющим оперативно-розыскную деятельность (милиции, Федеральной службе безопасности).

К работникам уголовно-исполнительной системы относятся сотрудники (лица, имеющие специальные звания рядового и начальствующего состава) и рабочие и служащие учреждений (предприятий учреждений), исполняющих наказания, органов управления УИС, следственных изоляторов и иных предприятий и организаций, входящих в уголовно-исполнительную систему.

К персоналу уголовно-исполнительной системы относятся сотрудники и рабочие и служащие, состоящие в штате учреждений (предприятий учреждений), исполняющих наказания, и следственных изоляторов. Деятельность рабочих и служащих регулируется законодательством о труде и Правилами внутреннего распорядка учреждений, исполняющих наказания. Организация работы сотрудников уголовно-исполнительной системы регламентируется законодательством РФ, Правилами внутреннего распорядка исправительных учреждений, а также Положением о прохождении службы в органах внутренних дел (до принятия Закона «О прохождении службы в учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы»). Сотрудники исполняют свои обязанности и пользуются в пределах их компетенции правами, предоставленными учреждениям и органам уголовно-исполнительной системы.