Помимо архивных материалов, существенный интерес представляют опубликованные источники, затрагивающие направления деятельности органов госбезопасности СССР на оккупированной советской территории в 1941–1944 гг. В целом, по проблеме партизанской борьбы вышло большое количество опубликованных документов, имеющих существенное значение. Они излагались в периодической печати уже в первые месяцы войны.

Сразу после войны стали появляться сборники документов и материалов, которые состояли преимущественно из дневниковых записей, выдержек из отчетных документов, листовок и т. п. Такого рода публикации преследовали цель на примерах мужественной и самоотверженной борьбы бойцов партизанских формирований способствовать мобилизации советских людей на разгром захватчиков. В этот же период начата публикация документов о чудовищных преступлениях, совершаемых немецко-фашистскими варварами в захваченных районах[72].

Одновременно с обработкой и систематизацией архивных фондов, шел процесс отбора документов и издания отдельных тематических сборников, которые посвящались, как правило, борьбе населения отдельных городов и областей против фашистских поработителей[73]. Часть документов отражала деятельность партизанских формирований и местных штабов партизанского движения. Эти сборники сыграли положительную роль, так как побудили к дальнейшей исследовательской работе по научной обработке и изданию ценных документов и материалов.

С середины 50-х годов многие республиканские, краевые и областные архивы развернули широкую подготовку и издание сборников документов и материалов. Большинство этих изданий в Белоруссии, на Украине, Карелии, Калмыкии, в Волгоградской, Калининской, Курской, Ленинградской, Московской, Орловской, Смоленской, Тульской и других областях посвящены раскрытию многосторонней деятельности общественных организаций и государственных органов в период суровых военных испытаний[74].

Достаточно много фактического материала содержится в сборниках, специально посвященных теме народной борьбы или отдельным ее проблемам[75].

Начиная с 1990-х гг. значительно повысился научный уровень опубликованных сборников. Улучшился отбор документов, их систематизация и археографическая обработка. К числу наиболее крупных документальных сборников следует сборник документов по Великой Отечественной войне, 9 том которого посвящен партизанскому движению[76]. В него включено большое количество документов Центрального штаба партизанского движения, которые ранее были засекречены.

В 1994-2000-х гг. вышли публикации ранее секретных материалов, касающихся проблем участия органов госбезопасности в Великой Отечественной войне[77]. Это уникальный массив источников, раскрывающий многогранную деятельность чекистских органов по достижению победы над гитлеровской Германией. В данных сборниках представлены документы, в полной мере показывающие разведывательно-диверсионную, контрразведывательную и специальную деятельность органов госбезопасности на оккупированной советской территории.

В 2001 году при участии Управления ФСБ России по г. Москве и Московской области были опубликованы документы и материалы, рассказывающие об участии московских чекистов в разгроме немецко-фашистских войск под Москвой. Большое количество документов посвящено деятельности чекистов в тылу противника. Уникальность этого издания заключается в том, что в нем, содержатся документы, впервые доступные для исследователей. Вместе с тем, в качестве критики хочется отметить, что ссылок на первоисточники, в частности хранящихся в архиве ФСБ, в сборнике нет.