Основным поводом для преследования так называемой «ленинградской антипартийной группы» стало обвинение А.А. Кузнецова, председателя Совмина РСФСР М.И.Родионова и первого секретаря Ленинградского обкома и горкома П.С.Попкова в проведении в Ленинграде Всероссийской оптовой ярмарки. Она была организована по инициативе Родионова, Кузнецова и Вознесенского без санкции центральных партийных органов. Бюро Совмина разрешило проведение лишь межобластных оптовых ярмарок, а Родионов и ленинградские руководители сделали ярмарку Всероссийской и лишь после начала ее работы известили об этом Маленкова. В ответ на информацию, поступившую от председателя Совмина РСФСР М.И. Родионова, прежде работавшего в Ленинграде, о проведении Всероссийской оптовой ярмарки, Маленков поставил на Политбюро ЦК ВКП(б) вопрос «Об антипартийных действиях члена ЦК ВКП(б) т. Кузнецова А.А. и кандидатов в члены ЦК ВКП(б) тт. Родионова М.И. и Попкова П.С.» В феврале 1949 года поступил еще один сигнал в ЦК партии. В анонимном письме говорилось о фальсификациях при выборах Ленинградского обкома партии. На ленинградской партконференции руководители обкома П.С. Попков, Г.Ф. Бадаев, Я.Ф. Капустин и П.Г. Лазутин получили по несколько голосов «против», но было объявлено, что они прошли единогласно. 15 февраля 1949 года Политбюро приняло постановление об антипартийных действиях ленинградской парторганизации. Срочно прибывший в Ленинград Маленков снял всю местную партийную верхушку. На объединенном заседании бюро ленинградских горкома и обкома партии Георгий Максимилианович обвинил Попкова и его товарищей в антипартийной групповщине и противопоставлении Ленинградской парторганизации Центральному Комитету, а также в попытке создать Компартию России и тем самым расколоть КПСС. Одновременно попали в опалу и покровители ленинградского руководства. В январе 1949 года Кузнецов, а в марте Родионов и Вознесенский лишились своих постов.

В постановлении Политбюро ЦК ВКП(б) от 15 февраля 1949 года говорилось о тесных связях руководства Ленинграда с работавшими в этом городе прежде Н.А.Вознесенским и А.А.Кузнецовым. Упоминалась и просьба Попкова о том, чтобы Вознесенский и Кузнецов «шефствовали» над городом, причем эта просьба сравнивалась с временами, когда «Зиновьев… пытался превратить Ленинградскую партийную организацию в опору своей антиленинской фракции».

К делу «ленинградской фракции был также привлечен второй секретарь Ленинградского горкома Я.Ф.Капустин, которого объявили «английским шпионом». Ему припомнили, что в 1935 году он проходил длительную стажировку в Англии, в Манчестере, на заводах Метрополитен-Виккерс, и имел любовную связь с англичанкой-переводчицей, предлагавшей ему остаться в Англии. Однажды муж англичанки, внезапно вернувшийся домой, застал жену и Якова Федоровича в костюмах Адама и Евы. Разразился скандал, который стал предметом разбирательства партийной организацией советского торгпредства в Лондоне. После ареста Капустина этот эпизод был расценен «как сигнал возможной обработки Капустина английской разведкой». Абакумов обвинил начальника ленинградского управления МГБ генерал-лейтенанта П.Н. Курбаткина в попытке замять это дело.

Курбаткин был арестован и впоследствии расстрелян. Здесь стоит отметить, что в 1939 году он сам был организатором убийства находившихся в заключении видных в прошлом троцкистов К.Б. Радека и Г.Я. Сокольникова, но это убийство ему не инкриминировали, поскольку действовал он тогда по приказу Сталина и Берии.

Другого обвиняемого – бывшего председателя Ленинградского облисполкома, назначенного первым секретарем Крымского обкома ВКП(б), Н.В.Соловьева объявили «махровым великодержавным шовинистом» за предложение создать Бюро ЦК по РСФСР и учредить компартию РСФСР. Его обвиняли также в том, что, «находясь на работе в Крыму, делал резкие вражеские выпады против главы Советского государства».