А. Е. Снесарев застал Ташкент в период важных преобразований в административном и военном устройстве Туркестанского края. 11 июня 1899 г. император Николай II утвердил положение Военного совета о передаче в ведение Туркестанского края Семиреченской и Закаспийской областей в отношении гражданского управления. 12 июня императором утверждено положение Военного совета об изменениях в организации Туркестанского военного округа. В соответствии с приказом военного министра (№ 161 за 1899 г.), округ получил корпусную организацию, были сформированы I (штаб в г. Ташкенте) и II (штаб в г. Асхабаде) Туркестанские армейские корпуса, в которые входили соответствующие управления Туркестанских стрелковых бригад, 1-я Туркестанская казачья дивизия, Закаспийская и Западно-Сибирская казачьи бригады, артиллерийские, инженерные и интендантские управления.

В соответствии с новой организационно-штатной структурой, Высочайше утвержденной 20 июня 1900 г., Туркестанские линейные бригады и батальоны преобразованы в стрелковые. До восьми увеличено число Туркестанских стрелковых бригад – 1, 2, 3, 4-я и 1-я Туркестанская резервная бригада (в I Туркестанском армейском корпусе); 5, 6, 7-я и 2-я Туркестанская резервная бригада (во II Туркестанском армейском корпусе); 8-я Туркестанская стрелковая бригада (не входила в состав корпусов и прикрывала Семиречье). По данным британской военной разведки, общая численность личного состава Туркестанского военного округа на июнь 1902 г. составляла 53 300 человек в мирное время и 92 789 человек в военное время. На вооружении войск округа имелось 128 орудий полевой и горной артиллерии, не считая артиллерии Кушкинской крепости[14].

Изменения затронули также и корпус офицеров Генерального штаба, проходивших службу в войсках Туркестанского военного округа. Прежде всего, введены должности офицеров Генерального штаба в строевых частях – в управлениях стрелковых и резервных бригад, в 1-й Туркестанской казачьей дивизии, в штабе крепости Кушка. Это сразу привело к увеличению более чем на треть числа офицеров Генерального штаба в войсках округа. Мера эта имела еще и ту положительную сторону, что распространяла институт офицеров Генерального штаба на строевые части и, тем самым, придавала согласованность, гибкость и оперативность всей системе управления и планирования на уровне штаб округа – штабы корпусов и бригад. Кроме того, офицеры Генерального штаба в управлениях бригад получали возможность непосредственно руководить боевой и тактической подготовкой войск, военным образованием строевых офицеров, принимать участие в мероприятиях по разведке сопредельных стран.

К концу 1901 г. в войсках Туркестанского военного округа числилось 34 генерала и офицера Генерального штаба[15]. Основная часть офицеров несла службу в штабе округа – в отчетном, строевом, мобилизационном отделениях и в управлении начальника военных сообщений. Отдельные офицеры выполняли служебные обязанности в качестве «офицеров для поручений» (штаб – и обер-офицеры). Несколько должностей, занятых офицерами Генерального штаба, имелось в Туркестанском военно-топографическом отделе (ВТО). Кроме штабной службы офицеры Генерального штаба несли так называемую «службу при войсках». Она заключалась в проведении тактических занятий со строевыми офицерами, участии в качестве руководителей в полевых поездках офицеров, а также в лагерных сборах.

С новыми штатами округ получил более стройную организацию, усилил боевой потенциал качественно и количественно, и, соответственно, получил возможность для решения более широких оперативных и стратегических задач. В описываемый период войска округа предназначались для стратегического прикрытия широкой приграничной полосы Туркестанского края от юго-восточного побережья Каспийского моря до Западного Китая (Восточный Туркестан и часть Джунгарии). В зону оперативной ответственности округа входили участки русско-персидской, афганской и китайской границ. Основными противниками, на которых были нацелены силы округа, считались Афганистан (как ближайший к русской границе) и Британская Индия. Боевые действия непосредственно против Британской Индии штабом округа не отрабатывались, для этого у округа имелось слишком мало наличных сил и средств, и решение этой задачи входило в ведение Главного штаба. Однако возможность боевого столкновения с индо-британскими войсками, которые могли выступить на стороне афганской армии, принималась в расчет вполне серьезно и учитывалась в боевом и мобилизационном планировании.