Об этом он написал напрямую министру просвещения графу С. С. Уварову с просьбой передать его кафедре расположенный неподалеку военный госпиталь. Так «родилась» первая в мире госпитальная клиника и направление медицины – госпитальная хирургия. Появился госпиталь, в котором одновременно могли лечиться тысяча пациентов, и в течение десяти лет им были написаны уникальные научные труды по анатомии и прикладной хирургии.

Он никогда не был чистым теоретиком, предпочитал опробовать свои многочисленные изобретения на практике. Николай Иванович сам придумывал медицинские инструменты, контролировал их изготовление, проводил бесчисленные операции в собственном госпитале, занимался консультациями в других лечебных учреждениях. За свою жизнь ученый сделал огромное количество открытий, спасших жизнь многим людям и до настоящего времени не потерявшим своей актуальности. Это был пример беззаветного служения медицине.

Отдавая должное заслугам Н. И. Пирогова в области высшего медицинского образования, он был избран членом медицинской комиссии по реорганизации медицинского образования в университетах.

Насыщенная научная деятельность врача-ученого Н. И. Пирогова, длительная и систематическая исследовательская деятельность позволили ему создать фундаментальные научные труды, принесшие ему мировую известность.

Вся многолетняя медицинская деятельность Н. И. Пирогова, стремившегося быть «врачом не только тела, но и души», сформировала у него прочные гуманистические убеждения, действенное сострадание к людям, подлинное понимание их психолого-физиологической природы.

Основатель новой школы в хирургии, Пирогов одновременно стал крупным общественным педагогическим деятелем. Как в дальнейшем писал русский педагог В. Я. Стоюнин: «…оказалось, что знаменитый хирург не только рассекал человеческие тела и анализировал их, а также анализировал и целое человеческое общество, и тело, и душу его – и нашел там застарелые болезни, которые нужно лечить радикальными средствами».

Глубочайшее воздействие на всю личность мыслителя оказало произошедшее в 1848 году во время эпидемии чумы его горячее обращение к Богу. Позже, в своём «Дневнике старого врача» он так вспоминал об этом: «Мне нужен был отвлеченный, недостижимый высокий идеал веры. И принявшись за Евангелие, я нашел для себя этот идеал».

В состоянии глубокого душевного обновления Н. И. Пирогов вновь задумывается о высших субстанциях и категориях как ценностях, раскрывающих перед человеком более обширные перспективы. Постепенно у него начинает выкристаллизовываться идея воспитания «истинных людей» с развитыми умственными способностями, нравственной свободой мысли и убеждениями, искренне любящих правду и готовых стоять за нее горою, способных к самопознанию и самопожертвованию. Это особенно рельефно было видно в его письмах к будущей жене баронессе А. А. Бисторм (1849—50).

И, наконец, Крымская война, в которой, Николай Иванович принимал участие, начиная с октября 1854 года, самым непосредственным образом повлияла на его мировоззрение. В 1854 году в Крыму, во время осады Севастополя Н. И. Пирогов по его личной просьбе во время военных действий работал с командой врачей и медицинских сестер. Пирогов был главным хирургом Севастополя, города, окруженного вражескими войсками. Николай Иванович создал службу сестер милосердия, разработал новую систему эвакуации, транспортировки, сортировки раненых в боевых условиях. Он руководил обучением и работой сестёр Крестовоздвиженской общины, недавно учреждённой по инициативе великой княгини Елены Павловны. Распределил их на четыре группы: перевязочные, аптекарши, хозяйки, а также транспортные сёстры, которые сопровождали раненых до госпиталя. Кроме того, сёстры занимались уборкой, готовили еду и контролировали интендантов.