11 апреля 1670 г. король утвердил одобренный ранее парламентом Второй Акт против конвентиков (The Second Conventicle Act)154. C 10 мая 1670 г. жителям Англии старше 16 лет запрещалось собираться где-либо более чем в количестве 5 человек для участия в каком–либо религиозном действии, кроме литургии Церкви Англии. Рядовые участники, уличённые впервые, карались штрафом 5 шилл., проповедники – 20 ф. ст., при повторном участии – больше, вплоть до полугода тюрьмы и высылки в одну из колоний на 7 лет.

Пенн начал составлять своё первое эссе в защиту свободы совести, когда репрессивный закон ещё только обсуждался. Он навестил квакеров в тюрьме, побеседовал кое с кем из судей и в Дневнике под 19 марта 1670 г. записал: «Я начал книгу против преследования, называемую “Великое дело свободы совести”»155 («The Great Case of Liberty of Conscience, Once more Debated & Defended, With some brief Observations on the late Act, Presented to the Kings Consideration, The Author W. P.j. 1670»). Сочинение было окончено 25 марта и появилось в печати 5 месяцев спустя.

Вводный раздел адресован королю Карлу II: Пенн предлагает ему отвергнуть билль и сохранить религиозную свободу. Пенн обсуждает мотивы тех, кто инициировал новый закон. Короля он уговаривает действовать так, как угодно Богу, а не «одной злобной партии» («some one angry Party of men»). Если король будет действовать так, то станет «Божьим благословением, любимым добродетельными людьми» («blest of God, and beloved of vertuous men»). Подписано: WILL:PENN Jun.

Менее чем через год Пенн переиздал этот памфлет. Для 2-го издания – на сей раз в Англии – Пенн переделал вводную часть, не трогая основной текст. Теперь он был адресован «Высшей власти Англии» («To the Supream Authority of England»). Введение подписано так: «От узника свободы совести ради» («From a Prisoner for Conscience Sake, W. P.»), и помечено: «Newgate, 7^>th of February».

Пенн требовал терпимости и утверждал, что преследование за религиозные убеждения нарушает права, коими граждане (citizens) обладают «по праву свободнорожденных англичан» (by English Birthright). Он ставит вопрос: представляют ли религиозные диссентеры угрозу для государственной безопасности? И предлагает провести конференцию представителей правительства и диссентеров по этому вопросу. Однако тут же Пенн уверяет, что он сам и другие религиозные диссиденты готовы терпеть и преследования, покуда правительство не одумается.

В предисловии ко 2-му изданию Пенн утверждал, что и христианские принципы, и разум оправдывают терпимость, но не преследования. Как же так получается: Англия боролась за освобождение своё от папского авторитета, а теперь сама преследует тех, кто отказывается подчиниться установленной Церкви. Пенн уподоблял диссентеров Сократу в Афинах и предсказывал падение государства, которое так поступает со своими мудрецами.

Основной текст разделён на 6 глав и заключается постскриптумом. В постскриптуме (он одинаков в обоих изданиях) обсуждается «Conventicle Act». В 1-й гл. Пенн даёт определения как свободе совести, так и преследованию (persecution) и уверяет, что подлинный протестантизм насаждает дух терпимости. В гл. 2 он заявляет, что преследования ниспровергают принципы христианской религии. В гл. 3 он цитирует как Ветхий, так и Новый Завет в доказательство, что Писание поддерживает свободу совести. В гл. 4 он доказывает, что преследования и ограничения прав (restriction) противны естественному закону и принципам разума. В гл. 5 – что использовать силу в вопросах совести – значит нарушать принципы доброго правления (во 2-е издание Пенн добавил по этой части новый материал). Гл. 6 представляет собой собрание свидетельств, главным образом из прошлого, где приведены примеры народов, государств и отдельных лиц, уважавших свободу совести и защищавших её. Любопытно, что, цитируя Чосера, Пенн просит у читателя прощения за то, что цитирует поэта, и просит читателя сосредоточить внимание не на красотах слога, а только лишь на смысле его слов.