Сэр Джон Робинсон (Robinson) – комендант Тауэра – потребовал от прибывших с Пенном офицеров бумагу с предписанием о задержании. Но никакого документа не было: было лишь устное распоряжение Арлингтона заключить Пенна в Тауэр и содержать под строгим надзором. Робинсон, однако, знал, что предыдущие коменданты Тауэра – Блант и Хельвис – были осуждены за то, что держали в Тауэре узников без законных на то оснований. И теперь, если бы Пенн-старший обратился в Суд Королевской Скамьи, то сэра Джона могли бы привлечь к ответу. Робинсон потребовал приказ за подписью короля и членов Совета132. Не получив такого документа, он всё же принял узника, однако немедленно послал к Арлингтону за приказом по всей форме.

Но такие приказы отдавались только Королевским Советом, и в Тауэр заключали только серьёзных государственных преступников. Выход из затруднительного положения он нашёл в том, чтобы попытаться возвести на Пенна обвинение более серьёзное, нежели нарушение закона об издании книг.

Для достижения нужного эффекта Арлингтон устроил настоящий спектакль. Он отправился в Тауэр сам. Пенна привели в комендантский дом. Арлингтон с мрачным видом спросил: какую бумагу Пенн обронил в кабинете Арлингтона? Пенн спокойно ответил, что никакой бумаги в кабинете Арлингтона не ронял. Тогда Арлингтон принялся врать, будто на том самом месте, где стоял в его кабинете Пенн, нашли бумагу, содержавшую план заговора против короля и «дерзкие выражения», оскорбляющие монарха. Пенн существование такой бумаги категорически отрицал, а по поводу ранее предъявленного ему обвинения заявлял, что его книга направлена только против аргументации Винсента и не содержит ничего против короля. Арлингтон сделал вид, будто удовлетворён этими объяснениями и пообещал Пенну ходатайствовать за него перед королём. Из Тауэра Арлингтон отправился в Уайтхолл. Излагая дело Пенна королю, он назвал памфлет «богохульным» и напомнил, что король Англии – глава Церкви и защитник веры: следовательно, не только может, но и должен арестовать Пенна. В журнал Королевского Совета был вписан протокол фиктивного заседания с решением о заключении Пенна и печатника Джона Дарби (Darby) в Тауэр по обвинению в «богохульстве» (blasphemy)133 . А в воскресенье, 18.12.1668 в Уайтхолле был наскоро всё-таки созван Королевский Совет, и 7 его членов подписали приказ об аресте Пенна и содержании его в строгом заключении.

«Строгое» означало, что его заключили в карцер с тюремщиком. Судя по фотографии, сделанной в 1944 г., это было чердачное помещение, довольно просторное и объёмное, под крышей, сложной по форме и закреплённой на балках под разными углами наклона134. Однако ту комнату почти не отапливали, а зима выдалась очень холодная. Свою еду покупать было нельзя: есть можно было только обыкновенную пищу арестантов. Все огни гасились в ранний час. Друзья допускались только с разрешения Королевского Совета. Узник не имел права вызвать доктора, пастора, стряпчего. Нельзя было писать письма, получать подарки, платить долги (то есть долги росли, поскольку набегали проценты).

Несколько дней спустя, в конце декабря 1668 г., Арлингтон представлял Карлу поступки Пенна уже в комическом свете. И повсюду, где появлялся, Арлингтон распространял лживые слухи, будто Пенн арестован по инициативе епископа Хенчмэна, авторитет которого он будто бы задел135. Арлингтон даже придумал слова, якобы сказанные епископом: «Пенн или откажется от своего учения, или умрёт в тюрьме». Когда их передали Пенну, он вздрогнул, но затем сказал: «Ничего, теперь я спокоен. Жаль, что меня не предупредили раньше. А то я рассчитывал получить свободу и запустил кое-какие дела». Король время от времени интересовался настроением узника. Посланные находили, что Пенн был в обращении очень мягок и приветлив, а ответы его разумны и удовлетворительны. Но в чём бы то ни было каяться или уступать Пенн не собирался.