Из трудов Прокопия известно также о сооружении в правление Юстиниана I так называемых «длинных стен» для защиты страны Дори. Большинство ученых склоняется к мысли, что страна Дори – это территория, которая впоследствии стала называться Готией или Климатами, то есть горный, юго-западный Крым. Длинные стены – также реально существовавшие оборонительные сооружения, перекрывавшие легкодоступные ущелья горной Таврии и препятствовавшие продвижениям кочевников в глубь Дори и к Херсонесу[37].
При базилевсе Юстине II (565–578) в древней столице Боспора разместился дука – начальник всех ромейских войск в Таврии. Внешнеполитическая обстановка для империи в последней трети VI в. стала ухудшаться. Поэтому имперские наместники стали совершенствовать систему оборонительных укреплений полуострова. Это время характеризуется ослаблением позднеантичной империи, начинавшей испытывать большие финансовые затруднения, военные неудачи и новые вторжения варваров. Не обошел стороной этот процесс и Крым. Сюда вплотную подошли орды кочевников-тюрок. В начале 570-х гг. они завоевали земли между Азовским морем и Кавказским хребтом. В 576 г. тюрки вторглись на земли Боспора и разграбили его столицу.
Тюркская угроза стимулировала развитие оборонительной системы позднеантичного Херсона. Видимо тогда, по распоряжению Юстина II, и были проведены очередные работы по укреплению западного участка оборонительных сооружений города. Новая линия стен и башен была построена западнее древнего христианского комплекса церковных зданий и окончательно взяла их под свою защиту. Возможно тогда же, на стыке западного и южного участков городских укреплений, был достроен большой фортификационный комплекс, названный «Святыми» (или «Красивыми») воротами. В 581 г., по свидетельству ромейского автора Менандра Протектора, тюрки подошли к Херсону, пытались приступом взять его[38]. Но они были отброшены от стен города войсками ромеев и готов. Поражение, понесенное под стенами Херсона, не прошло бесследно для тюрок. С ними был заключен мирный договор на условиях, выгодных для Херсона. В том же году после смерти кагана Арсилы тюркское государство распалось. Остатки тюрок были вынуждены уйти из Крыма.
После скорого заключения мира с тюрками началось массовое строительство крупнейших городских храмов. Именно тогда в городе достраивались или возводились вновь многие храмы и церковные здания. В древней части города была построена капелла-мартирий с подземным мавзолеем. В северной – возвели самый крупный баптистерий-крещальню с большой круглой купелью, вырубленной в скале. У морского побережья – резиденцию городского епископа с одной из крупнейших базилик, идентифицируемой с храмом апостола Петра. Западнее построили два храма, названные уже в XX в. археологами как «северная базилика» и «базилика в базилике». В северо-западной части города, близ городских стен были отстроены такие церковные комплексы, как «базилика на холме» с кладбищем и часовней, а также «западная базилика», отождествляемая с «домом св. Леонтия». Видимо, последний представлял собой комплекс женского монастыря. На углу левого нефа храма находилась крещальня с купелью, по обеим сторонам которой располагались погребения местных церковных иерархов. В галерее, примыкавшей к базилике с юга, могла размещаться богадельня. С севера к комплексу примыкала крестообразная в плане капелла-мартирий со склепом. Рядом с «северной базиликой» была построена городская баня, вымощенная камнем и имевшая горячее отопление.