Николай Устюгов первоначально готовился к продолжению духовной карьеры отца. В 1907 г. он поступил в четырехклассное Челябинское духовное училище. Будучи одним из лучших воспитанников училища, Устюгов окончил его в 1912 г. с правом поступления в духовную семинарию без экзаменов[68]. В том же году он поступил в Оренбургскую духовную семинарию. Полный срок обучения в семинариях в то время составлял 6 лет, но для поступления в университет достаточно было проучиться в них лишь 4 года. Последние два года семинарского обучения посвящались исключительно богословским наукам и непосредственной подготовке выпускников к пастырскому служению[69]. Устюгов проучился в семинарии именно 6 лет, вплоть до мая 1918 г.[70] Точно не известно, что побудило его остаться в двух последних классах семинарии, но, возможно, это было связано с тем, что семинаристы пользовались отсрочкой от военного призыва, что было особенно актуально в условиях Первой мировой войны, когда освобождение единственных сыновей в семье от воинской повинности было фактически ликвидировано. Обучаясь в семинарии, Устюгов продемонстрировал значительные успехи в освоении ее учебной программы. Он получил отличные оценки по всем предметам, вошедшим в аттестат, за исключением церковной археологии и церковного пения, по которым он получил оценку «очень хорошо», соответствующую отметке «четыре»[71].
Закончив Оренбургскую семинарию со званием студента, которое присваивалось только лучшим выпускникам, Устюгов уехал к семье в Челябинский уезд на станцию Полетаево[72]. Начиналась Гражданская война, и в июне 1918 г. Полетаево перешло под контроль Чехословацкого корпуса. Но, несмотря на начало боевых действий, Устюгов решил, после окончания семинарии, продолжить образование в высшем учебном заведении и в сентябре 1918 г. поступил на первый курс историко-филологического факультета Томского университета[73]. Выбор для обучения именно Томского, а не более близкого Казанского университета был, очевидно, связан с тем, что Казань в августе-сентябре 1918 г. фактически находилась на линии фронта, в то время как Томск представлял собой глубокий тыл белых войск. Но по финансовым причинам обучение в Томском университете пришлось прервать вскоре после начала занятий. Из-за недостатка средств Устюгов был вынужден вернуться домой и проработать 1918–1919 учебный год учителем в железнодорожной школе I ступени в Полетаево.
В конце июля 1919 г. Полетаево перешло под контроль Красной армии, продолжившей наступление в Сибирь. В конце августа – начале сентября того же года красноармейское наступление было ненадолго приостановлено в районе Тобольска – Петропавловска. Тем не менее осенью 1919 г. Устюгов вновь приехал в Томск, для чего ему пришлось пересечь линию фронта, и внес плату за обучение в первой половине учебного года