Воцарение Алп-Арслана, сына Чагры и племянника Тогрула, состоялось не без сложностей, которые стоит описать из-за причастных к ним личностей. Ему пришлось сражаться против сына одной из жен Тогрула, дочери хорезмшаха, на которой он женился во время своего пребывания в Хорезме (ее сын не был Сельджукидом, но у него были сторонники, поскольку Тогрул не имел детей), против Кавурта из Кермана, которого он победил, и, наконец, против Кутлумуша, опиравшегося на туркменов и, возможно, на еретиков из Северного Ирана. Кутлумуш был убит, но вскоре мы встретимся с его сыновьями. Визирь аль-Кундури, колебавшийся между партиями, которого к тому времени сменил назначенец Алп-Арслана Низам аль-Мульк, был казнен по навету последнего, что было редким явлением, причины которого неясны.
Царствование Алп-Арслана, в своем лице объединившего хорасанское наследство своего отца и ирано-месопотамское наследство, доставшееся ему от дяди, запомнилось прежде всего как правление великого воина, каким он показал себя на границах Центральной Азии, сражаясь с Караханидами и Газневидами, но прежде всего на Западе. Его политика шла в тех же двух направлениях, что и у Тогрула, но он сделал еще один шаг вперед. Туркменов больше не удерживали в Ираке или в Центральном Иране, и теперь они предприняли массированное наступление на Армению, а вскоре и на византийскую Малую Азию, проникая все глубже, но только с целью грабежа. Некоторые из них базировались в Азербайджане, другие – таких было меньше – в Верхней Месопотамии. Всему этому содействовали состав войск Византии (см. выше), разногласия между армянскими и византийскими лидерами и вызванный этим периодический отвод войск, стоявших на границе, а иногда прямой и открытый призыв к туркам-туркменам присоединиться к одним против других. Таким образом, всего за несколько лет туркмены разграбили весь район Аракса и двух верхних рукавов Евфрата до места их слияния, а также район Малатьи (Мелитены). В 1059 году один отряд дошел даже до важного центра Сивас (Себастия), расположенного гораздо дальше к западу. Другие рейды доходили до Эдессы, где туркмены осаждали недавнее приобретение Византии – греческие крепости, стоявшие на юго-восточных границах Малой Азии.