В память об этом событии селение получило новое название – Мирное, а на месте переговоров была построена церковь преподобного Сергия Радонежского. О героической защите Троице-Сергиева монастыря говорили по всей России. Крепость стала символом мужества и непобедимости русского народа. Авторитет монастыря рос, а вместе с этим росли и пожертвования в его казну. К середине XVII в. число крестьянских дворов, принадлежавших обители, достигло 16 811, что значительно превышало царские и патриаршии владения.

Большое количество крепостных крестьян и значительные денежные вклады давали возможность монастырским властям не только быстро вести восстановительные работы, но и возводить новые здания. Прежде всего были обновлены оборонительные укрепления монастыря.

Боевые башни были надстроены ввысь, а получившие серьезные повреждения переложены заново. Вся крепостная стена стала вдвое выше и толще. Реставрировались старые каменные здания, и строились новые. Восстановление подмонастырских селений тоже шло быстрыми темпами, и к 1623 г. количество дворов в слободах достигало уже 600.

Появился в монастыре и свой воинский гарнизон, куда набирали не только крепостных крестьян, но и всех желающих. Жили пушкари и стрельцы гарнизона в специально построенных для них слободках к западу от монастыря. Население посада быстро росло за счет привлечения на восстановительные работы мастеровых людей и ремесленников.

К середине XVII в. монастырь был существенно перестроен, сохранив старую планировку в прежних пределах. Архитектурный облик обители существенно изменился, ансамбль дополнили новые здания и пристройки.

По царскому указу с 1641 г. была проведена работа по составлению описи всех имеющихся сооружений и остального монастырского имущества. Благодаря трехлетнему труду специальной комиссии и появившемуся на иконах изображению монастыря стало возможным достаточно точно воссоздать архитектурный ансамбль крепости середины XVII в.

У восточной стены Трапезной выросла новая церковь Михаила Малеина, Никоновский придел был расширен, купола церквей покрыли блестящей жестью, а на крестах засверкала позолота.

Стены и своды старой Трапезной были покрыты яркой росписью. Именно в это время была срублена со стен Троицкого собора рублевская живопись и заменена новой. Рядом с Духовской церковью была возведена каменная колокольня, превышавшая по высоте церковную звонницу.

Колокольня простояла около 100 лет и была разобрана, но по сохранившейся описи и плану архитектора И. Ф. Мичурина можно составить представление о ней.

Прямоугольное в нижней части здание многоярусной колокольни в верхней части было восьмигранным и завершалось небольшой главой. Новую колокольню зодчие примкнули к древней звоннице. Оба здания составляли единую группу, органично вписывавшуюся в архитектурный ансамбль монастыря.

Есть данные, что Борис Годунов подарил для колокольни 5 колоколов: два «благовестных», висевшие в ее нижних ярусах и звонившие по большим праздникам, два колокола звонили по определенным дням недели и один, «застольный», звонил, приглашая всех к трапезе. Всего на обеих звонницах было, согласно описи, 32 колокола.

На месте деревянного дворца Ивана Грозного возвели новые «царские хоромы» – длинное деревянное строение из шести секций. У каждой секции был отдельный лестничный ход. Напротив Троицкого собора стояли деревянные палаты царицы и царевича, а к западу от них – двухэтажные кельи архимандрита.

К 1640 г. относится и постройка двухэтажного каменного корпуса келий, где жили монахи и была небольшая гостиница для гостей. В подклетном этаже жили управляющие монастырскими вотчинами, а часть келий занимали переплетчики книг.