Таким образом, в Москве явно недооценили опасность ярославских событий. Эта недооценка продолжалась, по крайней мере, несколько дней. Она ввела в заблуждение тех, кто должен был принимать экстренные меры. 14 июля М.В.Фрунзе писал Московскому окружному военному комиссару Н.И.Муралову о событиях в Ярославле: «Все мы в Москве были введены в заблуждение относительно их размеров…»

Недооценка опасности не означала, что Москва совсем не оказала помощи Ярославлю. Военная помощь была отправлена в первые же дни. Но, не представляя себе масштабов ярославского восстания, московские власти не могли принять меры, соответствующие размаху событий. Среди первых соединений, прибывших в Ярославль, находился рабочий отряд из Ростова, латышские стрелки из Рыбинска, которые защищали ст. Всполье. Рабочий отряд из Кинешмы действовал в районе железнодорожного моста через Волгу вместе со сводным отрядом интернационалистов.

Несколько позже в город прибыл Московский сводный полк, интернациональный батальон Варшавского полка, отряды Иваново-Вознесенска, Костромы. 8 июля из Москвы подошёл первый бронепоезд под командованием В.М.Ремезюка, а всего в подавлении мятежа участвовало три бронепоезда.

К 12 июля линия расположения красных войск выглядела следующим образом. От Коровников до Николо-Мокринских казарм линию фронта держали 1-й Советский полк, Варнавинский революционный полк, резерв рабочей дружины. На среднем участке фронта в районе Любимской, Рождественской и Борисоглебской улиц находились отряд из Иваново-Вознесенска и Шуи, а также Новгородский отряд. Левый участок фронта шёл от улицы Борисоглебской до железнодорожного моста через Волгу. Здесь действовали Московский, Кинешемский, Новгородский, Костромской и Рыбинский отряды. На ст. Всполье у красных находился резерв – Владимирский, Московский и Рыбинский отряды численностью в 450 человек и два эскадрона конницы. По данным оперативного отдела Московского военного округа, общее количество красных бойцов достигало двух тысяч человек.

Эти данные свидетельствуют, что и через неделю после начала восстания общая численность красных войск была недостаточной для взятия города. Часть отрядов состояла из рабочих, которые впервые получили оружие. Профессиональных военных не хватало, в то время как у Перхурова преобладали именно военные, бывшие офицеры.

У красных войск под Ярославлем была и ещё одна долго не решаемая проблема: у них не было единого командования. Войска действовали совершенно разрозненно. Донесения красных командиров в Москву пестрят такими фразами: «Организация никуда не годная…», «Командование войсками ужасно…», «Пришлите энергичных опытных руководителей…» Ещё более определённо высказался по этому поводу командир бронепоезда Ремезюк. Он считал, что «при энергичном действии командного состава можно [было] всё ликвидировать в один день». Видимо, сходной была позиция М.В.Фрунзе. В уже упомянутом письме Н.И.Муралову он писал, что для быстрой ликвидации мятежа нужно ещё «человек 500 хорошего войска».

Архивные документы позволяют выявить и ещё одну причину задержки в ликвидации мятежа. Среди тех воинских формирований, которые были направлены на помощь Ярославлю, преобладали артиллерийские части. Только своими силами они взять город не могли. Три бронепоезда курсировали по железной дороге от ст. Ярославль через ст. Всполье до железнодорожного моста, вели интенсивный обстрел города, но коренным образом повлиять на исход уличных боёв не могли. Недостатка в артиллерийских снарядах у красных не было, но недоставало пулемётов и поначалу было мало живой силы. В этих условиях красные предпочитали вести артобстрел города, что вело к его разрушению, но исход операции не могло предрешить. Сами красные командиры вынуждены были признать, что «город разгромлен до ужаса, а пользы немного». Взять город можно было только путём упорных уличных боёв, но это вело к большим потерям для осаждавших.