И действительно, в развернувшейся жестокой конкуренции за морской промысел у северо-западного побережья Северной Америки местные индейцы видели своими главными врагами именно русских, которые пришли сюда всерьёз и надолго. Англичане и американцы лишь изредка наведывались сюда на кораблях, поэтому представляли для аборигенов гораздо меньшую угрозу. К тому же они взаимовыгодно выменивали у индейцев ценный мех на европейские товары, в том числе огнестрельное оружие. А русские на Аляске сами добывали мех и мало чего могли предложить тлинкитам взамен. К тому же сами они отчаянно нуждались в европейских товарах.

Историки до сих пор спорят о роли американцев (в России их тогда называли бостонцами) в провоцировании индейского восстания против России в 1802 году. Академик Николай Болховитинов не отрицает роль этого фактора, но считает, что «происки бостонцев» были намеренно преувеличены руководством Российско-Американской компании, а на самом деле «большинство английских и американских капитанов занимали нейтральную позицию либо благожелательно относились к русским». Тем не менее одним из непосредственных поводов к выступлению тлинкитов стали действия капитана американского судна «Глоуб» Уильяма Каннингема. Он пригрозил индейцам полным прекращением с ними всяческой торговли, если они не избавятся от русского присутствия на их земле.

В результате в июне 1802 года тлинкиты в количестве полутора тысяч неожиданно атаковали и сожгли крепость Михаила Архангела на острове Ситка, уничтожив её немногочисленный гарнизон. Любопытно, что и в обороне русского поселения, и в нападении на него участвовало несколько американских матросов, причём некоторые из них дезертировали с американского судна «Дженни», которым командовал капитан Джон Крокер. На следующий день, также воспользовавшись фактором внезапности, индейцы перебили возвращавшуюся в крепость промысловую партию, а взятых в плен полукровок-креолов Василия Кочесова и Алексея Евглевского до смерти замучили пытками. Через несколько дней тлинкиты уничтожили 168 человек из Ситхинской партии Ивана Урбанова. Уцелевших русских, кадьякцев и алеутов, в том числе вызволенных из плена женщин и детей, взяли на борт оказавшиеся поблизости британский бриг «Юникорн» и два американских судна – «Алерт» и небезызвестный «Глоуб». Как горько замечает Болховитинов, его капитан Уильям Каннингем захотел «по-видимому, полюбоваться результатами своей антирусской агитации».

Потеря Ситки стала тяжёлым ударом для главного правителя русских колоний в Северной Америке Александра Баранова. Он с трудом удержался от немедленной мести и решил накопить силы для ответного удара по тлинкитам. Собрав внушительную флотилию из трёх кораблей и 400 туземных байдарок, в апреле 1804 года Баранов отправился в карательную экспедицию против тлинкитов. Он намеренно выстроил свой маршрут не по кратчайшему пути, а по огромной дуге, чтобы наглядно убедить местных индейцев в русском могуществе и неизбежности наказания за разорение Ситки. Это ему удалось – при приближении русской эскадры тлинкиты в панике покидали свои селения и прятались в лесах. Вскоре к Баранову присоединился военный шлюп «Нева», совершавший под командованием знаменитого капитана Юрия Лисянского кругосветное путешествие. Итог сражения был предопределён – тлинкиты были разгромлены, а вместо уничтоженной ими крепости Михаила Архангела Баранов основал поселение Ново-Архангельск, ставшее столицей Русской Америки (теперь это город Ситка).

Однако на этом противостояние Российско-Американской компании с индейцами не закончилось – в августе 1805 года тлинкиты уничтожили русскую крепость Якутат, вырезав там всех русских и алеутов, невзирая на возраст и пол. Известие об этом вызвало брожение среди коренных обитателей Аляски. Так тяжело восстановленный среди них авторитет России снова оказался под угрозой. По мнению Болховитинова, за время войны 1802–1805 годов погибло около полусотни русских «и с ними ещё много островитян», то есть союзных им аборигенов. Сколько людей потеряли тлинкиты, естественно, никто не считал.