Настойчивые призывы Церкви к прекращению междоусобицы не были услышаны. Накал борьбы возрастал. В ответ на покушение эсеров на жизнь В.И. Ленина правительство приняло постановление о «красном терроре»:
«Предписывается всем Советам немедленно произвести аресты правых эсеров, представителей крупной буржуазии и офицерства и держать их в качестве заложников. При попытке скрыться или поднять восстание – немедленно применить массовый расстрел безоговорочно… Нам необходимо немедленно и навсегда обеспечить наш тыл от белогвардейской сволочи… Ни малейшего промедления при применении массового террора».
Мог ли патриарх одобрить подобные действия или хотя бы промолчать о них, имея возможность говорить? Для этого ему нужно было перестать быть христианином: в этом вопросе мораль революционная оказалась в непримиримом противоречии с моралью христианской. И патриарх снова возвысил свой обличительный голос. Его послание к Совету народных комиссаров по случаю годовщины октябрьского переворота носит настолько глубокий и обобщающий характер, что может быть отнесено ко всем последующим десятилетиям существования этой власти (полный текст – в «Хронологии», 13/26 окт. 1918 г.):
«Вы разделили народ на враждующие между собой станы и ввергли его в небывалое по жестокости братоубийство. Любовь Христову вы открыто заменили ненавистью и, вместо мира, искусственно разожгли классовую вражду. И не предвидится конца порожденной вами войне, так как вы стремитесь руками рабочих и крестьян поставить торжество призраку мировой революции…
Казнят и тех, которые даже перед вами заведомо ни в чем не виновны, а взяты лишь в качестве «заложников», этих несчастных убивают в отместку за преступления, совершенные лицами не только им не единомышленными, а часто вашими же сторонниками или близкими вам по убеждениям. Казнят епископов, священников, монахов и монахинь, ни в чем невинных, а просто по огульному обвинению в какой-то расплывчатой и неопределенной «контрреволюционности»…»
Отношения между Церковью и советской властью достигли максимального обострения к концу 1918 – началу 1919 г., когда была проведена быстрая и энергичная кампания по вскрытию мощей православных святых. Это было жестоким надругательством над религиозными чувствами верующих и в то же время точно рассчитанным ударом антирелигиозной пропаганды.
Культ мощей в русской народной религиозности часто переходил установленные церковными канонами пределы (о проистекавших отсюда «соблазнах» рассказывал еще Ф.М. Достоевский – вспомним описание кончины старца Зосимы). Этот культ побуждал духовенство «преувеличивать» степень сохранности мощей. Молча предполагалось, что когда «ковчег» или «рака» с мощами имели форму человеческого тела, то в них хранятся полностью нетленные мощи. Как показали «вскрытия», иногда (на самом деле – поразительно часто) это подтверждалось. Но в ряде случаев – и тут получала полный простор обличительная антирелигиозная пропаганда – в раке обнаруживались лишь частично сохранившиеся останки святых. Мощи, оказавшиеся «нетленными», все равно подвергались надругательству – никак иначе это воспринимать невозможно: священные останки великих подвижников Русской земли выставляли в музеях рядом с трупами крыс и других животных с надписями «трупы мумифицированы». Организованное вскрытие мощей производилось согласно постановлению Наркомата юстиции от 3/16 февраля 1919 г. В течение только трех месяцев было произведено около 40 вскрытий, с широким освещением подробностей в массовой печати.