Когда войска Людовика XII под командованием кондотьера Джана Джакомо Тривульцио, бывшего полководца Моро, захватили Милан в сентябре 1499 г., глиняная модель «Коня», по утверждению гуманиста Сабба да Кастильоне, послужила мишенью для гасконских стрелков. Трудно судить, насколько она пострадала от их действий, но известно, что в 1501 г. Эрколе I вел переговоры с первым министром Людовика XII архиепископом Руана кардиналом Жоржем д’Амбуазом относительно ее транспортировки в свои владения для отливки в бронзе.

Одна из зашифрованных «зеркальным» почерком записей Леонардо в Атлантическом кодексе позволяет предполагать, что он собирался встретиться с французским генералом графом де Линьи, дождаться его в Риме и сопровождать в Неаполь[105], однако это намерение не было приведено в исполнение. В конце декабря 1499 г., разместив капитал, к тому времени насчитывавший 600 флоринов, у настоятеля флорентийского монастыря Санта Мария Нуова[106], Леонардо вместе с Пачиоли покинул Милан, не дождавшись реставрации Моро, который вернулся к власти в феврале 1500 г. в результате антифранцузского восстания, но через два месяца был предан швейцарскими наемниками и вывезен во Францию, где умер в 1508 г. «Герцог потерял государство, одежду и свободу», – говорилось в одной из записей Леонардо[107]. От задуманного им «Коня», получившего у современников название Gran Colosso, сохранилось несколько статуэток и эскизов, на основе которых в Милане в 2002 г. была восстановлена бронзовая копия модели конца XV в.

После отъезда Леонардо из Милана его творчеством заинтересовалась старшая сестра Беатриче д’Эсте Изабелла, жена мантуанского маркграфа Франческо II Гонзаги (1484–1519), ценительница изящных искусств, которая в апреле 1498 г. обратилась к Чечилии Галлерани с просьбой прислать портрет «Дамы с горностаем», чтобы сравнить работу Леонардо с работами венецианского художника Джованни Беллини [1427–1516][108]. Удовлетворенная увиденным, Изабелла пожелала заказать Леонардо свой портрет. Во время кратковременного пребывания при мантуанском дворе он начал работу над двумя эскизами, написанными углем и карандашом, один из которых остался в Мантуе и вскоре был кому-то подарен Франческо Гонзагой, а другой, с изображением профиля маркграфини (1500, Париж, Лувр)[109], сохранился в его бумагах. В Мантуе Леонардо не задержался, так же как и в Венеции, где предлагал правительству проект плотины на реке Изонцо, которую можно было бы использовать при организации обороны от турецких войск (черновик проекта сохранился в Атлантическом кодексе; (fol. 234v). В апреле 1500 г. Леонардо вернулся во Флоренцию, где у власти уже не было Медичи, которые были изгнаны через два года после смерти Лоренцо Великолепного (1494).

После возвращения Леонардо на родину Изабелла д’Эсте пыталась побудить его приняться за работу через вице-генерала монашеского ордена кармелитов Пьеро ди Новеллара, который 3 апреля 1501 г. сообщал, что «Леонардо ведет жизнь неупорядоченную и в высшей степени непредсказуемую, не загадывая вперед ни на день. С момента прибытия во Флоренцию он выполнил рисунок для картона. На нем изображен Младенец Христос в возрасте приблизительно одного года, который почти выскользнул из рук матери его Марии к ягненку, которого он, кажется, собирается обнять. Мадонна, привставая с колен св. Анны, придерживает его и пытается не пустить к ягненку (жертвенному животному), символизирующему Страсти Христовы. Св. Анна, слегка приподнявшись из сидячего положения, как будто не дает дочери разделить Христа и ягненка. Она, очевидно, символизирует церковь, предвещающую Страсти Христовы. Фигуры выполнены в натуральную величину, тем не менее они не вписываются в пространство небольшого картона, каждая из них чуть впереди предыдущей, направлена к левому краю. Рисунок все еще не завершен. Больше Леонардо ничего не пишет. Двое его учеников делают копии, и к этим копиям он время от времени прикладывает руку. Он поглощен геометрией, так что на живопись времени не остается»