Первоначально Германский Институт психиатрических исследований в Мюнхене существовал благодаря частным благотворительным пожертвованиям, прежде всего – финансовой поддержке Дж. Леба и его родственников. Только в 1924 году, уже после ухода Э. Крепелина с поста ректора (1922), институт получил официальное финансирование веймарского правительства, а также поддержку благотворительного Общества имени кайзера Вильгельма по развитию науки. Еще позднее крупное пожертвование в пользу Мюнхенского института психиатрических исследований сделала семья знаменитых американских банкиров-мультимиллиардеров Рокфеллеров, также имевших германо-еврейское происхождение и основавших благотворительный фонд своего имени, так называемый Rockefeller Foundation. Деньги Рокфеллеров позволили построить для института новое специализированное здание, удовлетворявшее всем изначальным требованиям Э. Крепелина к проекту: планировке, просторности и другим параметрам. Новое здание Германского Института психиатрических исследований в Мюнхене было торжественно открыто в 1928 году, уже после смерти Э. Крепелина (1926). С 1945 года это Институт психиатрии имени Макса Планка в Мюнхене.

Э. Крепелин был не только автором идеи создания Института психиатрических исследований в Мюнхене, но и его основателем, а затем – первым ректором (научным и административным руководителем) созданного им института. При этом он продолжал совмещать с новым постом должности заведующего кафедрой (или, как тогда говорили, «первого профессора») психиатрии Мюнхенского университета и директора университетской психиатрической клиники.

В 1922 году здоровье Э. Крепелина, которому исполнилось 66 лет, ухудшилось и он принял решение уйти на пенсию и оставить все занимаемые им академические и административные посты. После выхода на пенсию, в 1922 году в знак признания научных заслуг он был избран почетным ректором Германского Института психиатрических исследований в Мюнхене и стал почетным профессором кафедры психиатрии Мюнхенского университета.

По словам дочери ученого Антони Шмидт-Крепелин, в последние годы жизни Э. Крепелин серьезно увлекся изучением буддизма, даосизма, конфуцианства и в целом восточной философии и восточных духовных практик. Он также планировал посетить буддийские святыни, но так и не успел осуществить свое желание.

Кроме того, последние годы жизни Э. Крепелин посвятил работе над новым, усовершенствованным и дополненным, переизданием своего знаменитого «Учебника психиатрии». Это переиздание увидело свет уже после смерти Э. Крепелина. В качестве почетного ректора и почетного профессора он продолжал оказывать помощь в работе и консультировать по различным вопросам новое руководство Германского Института психиатрических исследований и нового заведующего кафедрой психиатрии Мюнхенского университета.

В 1926 году Э. Крепелину исполнилось 70 лет. Он не только не пожелал как-либо отмечать юбилей, но и запретил друзьям и ученикам поздравлять его. В результате намеченное официальное празднование его юбилея не состоялось. Летом того же 1926 года Э. Крепелин отдыхал на озере Лаго-Маджоре в Италии. Известно, что он планировал новую поездку в Голландскую Ост-Индию (частью которой тогда был ранее исследованный им остров Ява), с тем чтобы вместе со своим учеником И. Ланге продолжить исследования в области транскультуральной психиатрии.

Однако в августе 1926 года Э. Крепелин впервые почувствовал себя плохо, и ему пришлось отложить планировавшуюся поездку в Голландскую Ост-Индию. Вскоре Крепелин заболел гриппом, быстро осложнившимся гриппозной пневмонией. После короткой и скоротечной болезни, 7 октября 1926 года, в возрасте 70 лет Э. Крепелин умер в Мюнхене от гриппозной пневмонии. Всего за три дня до смерти Э. Крепелин успел надиктовать предисловие к шестому переизданию своего учебника и закончил редактировать его второй том. Перед кончиной Э. Крепелин распорядился, чтобы в его похоронах участвовали только самые близкие, чтобы церемония прошла максимально скромно, тихо и незаметно, и запретил проводить какие бы то ни было официальные мероприятия в связи с похоронами.