В 1959 году Рене Миллон вместе с Брюсом Дрюиттом досконально обследуют систему тоннелей в пирамиде Солнца и обнаруживают в тоннеле Эдуардо Ногуэры в 55 метрах от входа небольшое строение, облицованное камнем. В тот же год в 57 метрах от входа ими была выявлена древняя стена.

В 50-х и 60-х годах раскопки в городе проводила французская исследовательница Лоретт Сежурне. Сосредоточившись на религии и искусстве, она работала в нескольких жилых компаундах – Сакуале, Тетитле и Йайауале. Её публикации скупы на стратиграфию и контекст, однако богаты иллюстрациями фресок, керамики, фигурок и каменных артефактов. В Тетитле она вела раскопки в 1963 и 1964 гг. Только когда весь компаунд был расчищен, стало понятно, что Тетитла, Йайауала и Сакуала являют собой довольно стандартизированные городские блоки, встроенные в городскую же сетку. Далее исследованиями в Тетитле руководил Фрэнк Мур.

Один из крупных проектов 1960-х гг. возглавлял Уильям Т. Сандерс из Пенсильванского университета. В его рамках в основном изучались отношения мегаполиса с сельской местностью и деревнями, поэтому раскопки проводились по большей части на периферии. В предгорьях он выявил доиспанскую систему управления паводком, часть которой проходила в 5 км к западу от Дороги мёртвых Теотиуакана – она состояла из довольно длинных каналов, орошавших территорию в несколько сотен гектар и датируемых классическим периодом, а возможно даже концом формативного периода.

С 1960 по 1965 гг. Национальный институт антропологии и истории Мексики организовал в Теотиуакане масштабные археологические и восстановительные работы, которыми руководил Игнасио Берналь. Была расчищена Дорога мёртвых и укреплены строения, выходящие на неё.

В 1962 году в городе стартовал крупный картографический проект под руководством Рене Миллона. Всего было обследовано 36 км^>2. Учёные собрали богатый материал (900 тыс. осколков керамики, 230 тыс. кусочков обсидиана и около 25 тыс. прочих каменных предметов, в том числе около 6,5 тыс. фрагментов метате и приблизительно столько же мано19), который свезли для последующего изучения в специально созданное для этого хранилище. Также было осуществлено 28 стратиграфических раскопок. Результаты исследований были опубликованы в 1973 году в двух томах вместе с детальной картой местности – эти материалы, в том числе карта, до сих пор сохраняют немалую ценность. Сам же проект продолжал свою деятельность вплоть до 1978 г., однако основные полевые исследования завершились в 1966 г.

С 1962 по 1964 гг. Игнасио Берналь в рамках «Теотиуаканского проекта» осуществил масштабные работы по реконструкции пирамиды Луны и примыкающих к её площади строений. Всё это делалось к Олимпиаде 1968 года для того, чтобы олимпиец мог пробежать с факелом по Дороге мёртвых и взбежать наверх на пирамиду Луны. Тогда же был обнаружен и восстановлен Дворец Кецальпапалотля, где провели раскопки, описанные Хорхе Акостой.

В 1962 году исследователи прокапывают тоннель в пирамиде Солнца с востока на запад у основания самой высокой террасы. Это была траншея длиной 30,9 м, шириной 1 м и высотой 2 м. С 1962 по 1964 гг. на пирамиде работают Роберт Чедвик и Эдуардо Контрерас, а в 1966 году исследования продолжил Хорхе Акоста.

В 1966 году Р. Миллон обнаруживает Тлаилотлакан, в том же и последующем году Университет Америки и Теотиуаканский картографический проект проводят там раскопки. По их результатам становится ясно, что район заселяли сапотеки – иммигранты из Оахаки. С тех пор его называют также Оахакским баррио.

В 1969 году в рамках картографического проекта Эвелин Раттрей и Дарлена Блачер сделали в Тетитле тестовый раскоп 2х2 метра и выяснили, что верхний стратиграфический уровень соответствует фазам Метепек (550—650 гг.) и Койотлателько (650—900 гг.), а нижний – поздней Тламимилольпе (примерно с 280 по 350 гг.). В дальнейшем Э. Раттрей составит первую полноценную хронологию развития керамики в Теотиуакане, которой затем с поправками и изменениями станут пользоваться все исследователи мегаполиса.