Аллопатрическое (географическое) видообразование (аллос – чуждый, иной). Этот способ видообразования изучен рядом зоологов – Вагенер, Джордан и др. Протекает следующим образом: возникновение рас – пространственная изоляция – со временем развивается репродуктивная изоляция, и иногда в дальнейшем виды вновь могут оказаться на одной территории, но скрещивание между ними уже не возможно.

Например, распад общего ареала австралийской мухоловки на два. Первоначальный ареал этой птицы в связи с засухой разделился на два, затем в одном из ареалов в результате естественного отбора возник новый вид. И хотя в дальнейшем происходило увеличение ареала этого второго «засухоустойчивого вида» вида, но при встрече особи этих двух видов уже не скрещивались.

Образование нового вида на новой территории с другими экологическими условиями. Например, серебристая чайка и клуша. Ареал серебристой чайки расширился, они стали селиться и по берегам Балтийского моря, со временем в результате естественного отбора на северном побережье Балтийского моря образовался новый вид – клуша.

Лиственница сибирская растёт на востоке: от Урала до Байкала. Возникали мутации, затем новые комбинации генов – популяция неоднородна. В процессе борьбы за существование и в результате действия естественного отбора выживали и оставляли потомство особи с полезными в конкурентных условиях обитания изменениями. Это происходило длительно и способствовало появлению более резких различий между популяциями и в конечном итоге возникновению биологической изоляции – не скрещиваемости особей разных популяций одного вида. В результате в более суровых условиях под действием движущих сил эволюции сформировался новый вид – лиственница даурская.

В результате аллопатического видообразования возникают новые виды, роды, семейства. В результате длительной изоляции фауны и флоры Байкала возникли некоторые новые виды; изоляция организмов на островах привела к возникновению гигантизма (моа, эпиорнис), карликовости (карликовый мальтийский слон, киви), потере способности к полёту (галапагосский баклан, новозеландский киви, мадагаскарский дронт, какапо или совиный попугай).

Одним из примеров происходящего в настоящее время аллопатрического видообразования считается серая ворона и второй вид – чёрная ворона. Большинство зарубежных систематиков считает серую ворону не отдельным видом, а лишь выделяющейся своей окраской группой подвидов черной вороны (С. соrоne). Черная ворона обитает в Европе к западу от области обитания серой, а также в Сибири к востоку от Енисея и на большей части Средней Азии. Таким образом, ареал серой вороны как бы «вклинивается» в область обитания черной, что трактуется как доказательство молодости этой формы, возникшей некогда на периферии ареала черной вороны и вытеснившей ее со значительной территории.

Высказывается мнение, что западная и восточная черные вороны, возможно, представляют собой отдельные виды – собственно С. соrоne и С. orientalis. Ареалы серой и черной ворон граничат в долине Енисея и на Алтае, здесь наблюдается интрогрессивная гибридизация в полосе шириной до 150 км. Гибриды имеют самые различные фенотипы, могут внешне не отличаться от исходных форм. Сходная ситуация наблюдается и в Европе, зона контакта и гибридизации здесь имеет причудливую форму, далекую от субмеридиональной. Так, серая ворона обитает в Ирландии и Шотландии, черная – в Англии, серая – в Италии, на Корсике и Сардинии, черная – во Франции и Швейцарии.

Гибридная зона в Шотландии заметно смещается на север, что противоречит тезису о расселении серой вороны и вытеснении ею черной. Уровень гибридизации не позволяет считать серую и черную ворон отдельными видами, однако последняя (по крайней мере, восточная черная ворона) отличается от первой целым рядом поведенческих и экологических черт. Прежде всего, она не столь склонна к синантропизации и предпочитает населять естественные биотопы, место серой вороны в городах Сибири и Дальнего Востока занимает не черная ворона, а скорее другие виды врановых – ворон, большеклювая ворона, отчасти сорока. Она менее агрессивна, более пуглива, не обладает той широтой экологического спектра и пластичностью, как серая ворона. Хотя в городах Европы она ведет себя как типичный синантроп, там никогда не наблюдалось таких вспышек численности и такой плотности, как в случае с серой вороной.