Помимо методологического, это понятие имеет ещё два смысла, в которых оно встречается в философской литературе: онтологический и общелогический. В онтологическом смысле метафизика представляет собой мнение, что наличное бытие во всех своих проявлениях «пропитано» смыслами и сущностями, «эйдосами», и задача разума – отражать, «экранировать» их. Здесь выражена основная идея метафизической методологии, заключающаяся в формировании субъектом сущностных характеристик действительности и их представлении с индивидуальной точки зрения.

В общелогическом смысле панлогизмом называется любая методология, разработанная и обоснованная рациональным способом. То есть любая система научного знания, от древнейших до суперсовременных, от самых умозрительных до самых практических, образуется путём доказательного изложения. Каждая из них имеет свою логику, которая в той или иной степени родственна логикам других наук, но имеет и специфические отличия.

Метафизика характеризуется дедуктивной и индуктивной логиками. Аристотель является основоположником дедуктивной логики. Дедуктивные умозаключения (силлогизмы, леммы) – это умозаключения от общего к частному, от правила к примеру, от самоочевидных аксиом – к новому знанию, результат которого имеет вероятностный характер.

Основной представитель индуктивной логики в современной философии – Р. Карнап. Индуктивная логика характеризуется тем, что об истинности индуктивного умозаключения нельзя утверждать достоверно. Выражая эту идею, Р. Карнап пишет: «Даже если посылки предполагаются истинными и вывод является правильным индуктивным умозаключением, результат может оказаться ложным. Самое большее, что мы можем сказать, это то, что по отношению к данным ссылкам заключение имеет некоторую степень вероятности. Индуктивная логика говорит нам о том, как вычислить значение этой вероятности» [62, с. 60].

Для понимания специфики физических законов Р. Карнап предложил выражать степень подтверждения физических законов в количественной форме. Таким образом, учёный показал, что индуктивная логика предполагает не только умозаключение от фактов к законам, но также любое заключение, которое не следует с логической необходимостью из посылок, когда истинность этих посылок гарантируется. Такие умозаключения представляют собой вероятностное знание и характеризуются большей или меньшей степенью подтверждаемости.

Дедуктивная и индуктивная логики основаны на правдоподобном, вероятностном знании и выражают метафизическую методологию, репрезентирующую человеком ту или иную сторону действительности.

Второй этап развития метафизики – механицизм. Областью научного знания, откуда заимствовался философией этот метод, является классическая механика. Отправная точка развития механицизма – законы и постулаты этой науки, разработанные И. Ньютоном, И. Кеплером и Г. Галилеем.

Основная установка философского механицизма – ориентация на пространственно-временную организацию объекта исследования. В классической физике это означало, что исследуемая система представляла собой ряд последовательных состояний, каждое из которых было относительно самостоятельным и относительно устойчивым. В философии эта установка переросла в аксиому, согласно которой сущность любого явления сводилась к его конструктивным, но теперь уже не обязательно пространственным особенностям. «Объект предписывалось отражать как механизм. Отношение к объекту как к единству взаимодействующих частей распространилось не просто на механические тела, но и на человека, на общество, на язык и на сам процесс познания» [62, с. 21–22].