Построена Набатная башня была в 1495 году и с тех пор практически не перестраивалась. Основой сооружения является четверик, который завершается навесными бойницами с парапетом. Внутри башня состоит из двух ярусов. В 1676–1686 годах она была надстроена арочным четвериком и шатром со смотровой вышкой.

В 1771 году во время Чумного бунта восставший народ ударил в набатный колокол. Испуганные возможным пожаром москвичи собрались возле Кремля. После того как с бунтом было покончено, императрица Екатерина II приказала отнять у колокола язык, и следующие 30 лет он оставался «немым». В 1803 году многострадальный колокол переместили в Арсенал, а затем, в 1821 году – в Оружейную палату, в вестибюле которой он находится по сей день.

В 70-х годах прошлого века из-за потери плотности грунта и растрескавшегося фундамента Набатная башня начала крениться на бок. Остановить процесс удалось, стянув основание сооружения металлическими обручами. Однако до сих пор крен Набатной башни составляет 1 м от вертикали.

Именно с Набатной башней связана загадка, которую так и не удалось разгадать Н. С. Щербатову. Исследователь обнаружил замурованную арку, за которой должен был располагаться внутристенный ход («нижний бой»), ведущий к Спасской башне. Однако оказалось, что арка вовсе не замурована, кладка в ней была сделана в то время, когда возводилась сама башня, а следовательно, никакого хода за аркой никогда не существовало.

В 1973 году возле Набатной башни при закладке шурфа археологами был обнаружен подземный ход. В отчете, предоставленном учеными, было сказано следующее: «На отметке 4 метра 10 сантиметров был расчищен свод подземного хода, сложенный из белокаменных блоков. Подземный ход проходит в направлении север – юг, захватывая западный профиль шурфа. Свод подземного хода расположен вплотную к фундаменту. В процессе работ белокаменный свод был разобран и обнаружен кирпичный пол. Глубина подземного хода от 0 до 5 метров 40 сантиметров. Размеры кирпича 28 ´ 12 ´ 13 сантиметров. Пол местами покрыт известковым раствором. В западной части свода при его разборке был обнаружен могильный камень с эпитафией, на основании чего подземный ход датируется второй половиной XVII века». Тогда ученые решили, что наткнулись на подземный ход, однако в 1993 году в Институте археологии Академии наук России прошла конференция, на которой было решено считать давнишнюю находку сточным каналом. Поводом к этому стал тот факт, что подземный ход был практически полностью забит глиной с вкраплением яичной скорлупы, рыбьих костей и чешуи, а также слюды. Однако в таком случае становится непонятным, почему сточный канал идет не за пределы Кремля, а вдоль стены. Кроме того, сточные каналы обычно не закладывались столь глубоко, поскольку время от времени они забивались, и для расчистки их приходилось откапывать.

Спасская башня, которую ранее называли Фроловской, располагается на Красной площади. Возведена она была в 1491 году Пьетро Антонио Солари, свидетельством чему являются плиты из белого камня, установленные над въездными воротами башни. С внутренней стороны плит нанесена надпись на русском языке, а с внешней – на латыни: «В лето 6999 июля божией милостию сделана бысть сия стрельница повелением Иоанна Васильевича государя и самодержца всея Руси и великого князя Володимирского и Московского и Новгородского и Псковского и Тверского и Югорского и Вятского и Пермского и Болгарского и иных в 30 лето государств его, а делал Пётр Антоний Солярио от града Медиолана».

Ранее на месте Спасской башни располагалась Фроловская стрельница белокаменного Кремля, построенного Дмитрием Донским. В 1464–1466 годах башню ремонтировали, и тогда же на ней были установлены рельефные плиты с изображением Георгия Победоносца и Дмитрия Солунского, являвшихся покровителями московских князей. Позднее плиты были перенесены на новую башню, где простояли до XVII века.