Осенью 1823 года Рылеев вступает в Северное тайное общество, а вскоре становится одним из его руководителей. В жизни поэта начинается новый, самый важный и ответственный этап. Его интерес к вопросам политики, философии, морали день ото дня возрастает и обостряется. Книги давали ответ на многие волновавшие Рылеева вопросы, вселяли уверенность в правоте дела, на службу которому он поступил.
Петербургское наводнение 7 ноября 1824 года, так ярко описанное Пушкиным в «Медном всаднике», приносит Рылееву немало огорчений. В отсутствие самого поэта и его жены их квартира на берегу Мойки у Синего моста оказалась затопленной водой. Лишь благодаря отчаянным стараниям А. А. Бестужева-Марлинского удаётся спасти от гибели наиболее ценные вещи и около половины книг рылеевской библиотеки. Вернувшись в Петербург, Рылеев пытается восполнить потерю, приобретая взамен испорченных водой новые экземпляры нужных ему сочинений. Большую помощь в этом ему оказывает книготор-говец А. Ф. Смирдин, ставший к тому времени владельцем одной из лучших книжных лавок Петербурга.
Зная напористость, целеустремлённость Рылеева, широту его умственных интересов, всепоглощающую любовь к книге, можно легко предположить, что со временем библиотека поэта могла бы стать одним из интереснейших в России частных книжных собраний. Однако случиться этому было не суждено. Книги, любовно собранные поэтом-революционером, разделили его трагическую участь.
Рылеев сознавал и заранее предчувствовал возможность поражения восстания. В «Исповеди Наливайки» (1824), как бы предвещая свою судьбу, поэт писал:
Горькие предчувствия не помешали Рылееву совершить свой гражданский подвиг, твёрдо и решительно отстаивать свои идеалы, выйти 14 декабря 1825 года на Сенатскую площадь.
Ещё накануне восстания и последовавшего затем ареста Рылеев раздаёт друзьям и знакомым часть своего домашнего архива и некоторые книги библиотеки. Надо полагать, что вскоре после известия о провале выступления и аресте его участников многое из того, что было роздано поэтом, оказалось уничтожен-ным. Арестов и обысков в те тревожные для России декабрьские дни опасались не только прямые участники заговора и их близкие, но и многие из сочувствовавших декабристам людей. Хранить у себя в доме бумаги и книги одного из вождей вос-стания было небезопасно.
И вот мрачный каземат Петропаловской крепости, унизи-тельные допросы в следственной комиссии, редкие письма на волю. Но и в этих неимоверно тяжёлых условиях Рылеев не забывает о книгах. 21 января 1826 года он просит в письме жену прислать ему все одиннадцать томов «Истории государства Российского» Н. М. Карамзина, оговариваясь при этом, что ему нужны «не те, которые испорчены наводнением, а лучшие», то есть купленные взамен. В другом письме он просит жену возвра-тить в книжную лавку А. Ф. Смирдина книги, счета за которые к моменту ареста оказались неоплаченными. В ответ на вопрос Натальи Михайловны, как быть с книгами, Рылеев советует ей часть книг распродать, а часть, самые лучшие, оставить, посколь-ку со временем они могут пригодиться дочери Настеньке, которой в ту пору шёл седьмой год.
13 июля 1826 года Рылеев был казнён. Через несколько месяцев после гибели поэта его вдова и дочь были вынуждены покинуть Петербург и переехать в воронежское имение Тевяшо-вых Подгорное. Сюда же Наталья Михайловна перевозит уцелев-шую часть архива и библиотеки мужа.