В начале июня 1415 года дело по обвинению Гуса в ереси было закончено и его, закованного в цепи, перевели во францисканский монастырь в Констанце, где заседал собор. 6 июня Гус предстал перед собором. Епископ Лоди выступил с обвинительной речью.

Все попытки Гуса доказать необоснованность выдвинутых против него обвинений решительно пресекались соборными отцами. Ему попросту не давали возможности говорить. На него кричали, плевали, его поносили, ругали, осыпали проклятиями. Соборные отцы провозглашали, что он хуже, чем содомит, Каин, Иуда, турок, татарин и еврей. Его сравнивали с «пресмыкающимся змием» и «похотливой гадюкой». Его выступления прерывались свистом, топаньем ног, воплями: «В костёр его! В костёр!»

Император Сигизмунд и соборные отцы не жалели усилий, чтобы заставить своего узника принести повинную и отречься от приписываемых заблуждений. Если бы им удалось вырвать у своей жертвы публичное покаяние, этим они нанесли бы удар по его сторонникам в Чехии. Гус отказался подчиниться их требованиям. Взамен он согласился присягнуть, что никогда не разделял и не проповедовал приписываемых ему заблуждений и никогда не будет разделять или проповедовать их. Собор отверг эту формулу.

Как и в большинстве подобного рода дел, в деле Гуса не обошлось без Иуды-предателя. Врагам Гуса удалось перетянуть на свою сторону Стефана Палеца, единомышленника Гуса, выступившего против него в роли свидетеля обвинения. Были использованы и некоторые друзья Гуса, чтобы убедить его покориться воле собора. Этого же требовал от него и император Сигизмунд.

Убедившись, что от Гуса не удастся добиться самообвинения и отречения, собор объявил его упорствующим еретиком, лишил священнического сана, отлучил от церкви и приговорил к сожжению на костре.

Казнь Гуса была назначена на 6 июля 1415 года. В тот день состоялось самое торжественное в истории инквизиции аутодафе.

Гусу дали в руки так называемую чашу искупления, и один из епископов провозгласил формулу проклятия: «О проклятый Иуда! За то, что ты покинул совет мира и перешёл в стан иудеев, мы отбираем от тебя этот сосуд искупления!» Но Гус не оставался а долгу: «Я верю во всемогущего господа бога, во имя которого я терпеливо сношу это унижение, и уверен, что он не отберёт от меня его чашу искупления, из которой я надеюсь пить сегодня в его королевстве!»

Стражники зажали ему рот руками. Семь епископов сорвали с него священническое облачение и вновь призвали его отречься. Гус, повернувшись к присутствующим, заявил, что не может покаяться в заблуждениях, которых никогда не разделял.

Прежде чем бросить осуждённого в костёр, следовало его соответствующим образом подготовить к этому «акту веры». Гусу обрезали ногти и остригли тонзуру. Затем увенчали его голову шутовской бумажной тиарой, разрисованной чертями, на которой красовалась надпись «Сё ересиарх».

При этом возглавлявший эти колдовские действа епископ сказал Гусу: «Мы поручаем твою душу дьяволу!» Но Гус продолжал со стойкостью и упорством, вызывавшими уважение даже его врагов, отвечать на каждый удар контрударом: «А я посвящаю свою душу самому всепрощающему господу Иисусу Христу!»

Когда в возникшей сутолоке с головы Гуса упал шутовской колпак, один из стражников приказал служке: «Напяльте снова на него этот колпак, чтобы его сожгли с чертями, его повелителями, которым он служил здесь на земле».

Палачи долго копошились в догоравшем костре. Голову мученика они разбили кольями на куски и забросали головешками. Во внутренностях нашли сердце, проткнули его острой палкой и старательно сожгли. Обуглившееся тело разорвали клещами, чтобы облегчить работу огню. В костёр полетели и личные вещи пражского магистра. Когда же огонь потух, то палачи старательно собрали пепел и даже землю с места казни и бросили их в Рейн.