Папа Климент V одобрил действия французской инквизиции, потребовав только отдать их имущество под контроль двух кардиналов. Филипп не возражал, учитывая, что предложенные папой кардиналы, были, как и он сам, его креатурами.

Получив таким образом определённую гарантию, что он будет участвовать в разделе богатств тамплиеров, Климент V 22 ноября 1307 года, т. е. до окончания следствия по делу, издал буллу «Pastoralis Praeminentiae», в которой брал под защиту действия Филиппа и утверждал, что обвинения против ордена доказаны, а его руководители сознались в совершённых преступлениях. Булла заканчивалась призывом ко всем государям Европы последовать примеру Филиппа и начать преследование ордена.

Осуждение и роспуск ордена было намечено осуществить на соборе, созвать который предполагалось в 1310 году. Кроме этого, Филипп разрешил, чтобы 72 «сознавшихся» обвиняемых во главе с Молэ были допрошены лично папой и кардинальской коллегией.

Однако преследование тамплиеров, по-видимому, встретило в среде церковной иерархии и феодалов значительное сопротивление, поэтому папа был вынужден лавировать. 12 августа 1309 года он создал под председательством Нарбонского архиепископа комиссию, перед которой арестованные тамплиеры получили возможность выступить в защиту своего ордена. Гроссмейстер Молэ и другие руководители тамплиеров, ссылаясь, что они подсудны только папе и недостаточно квалифицированны выступать в роли адвокатов своего ордена, отказались дать показания комиссии. Но среди рядовых тамплиеров нашлись более мужественные люди, чем их вожди. Многие из них отреклись перед комиссией от показаний, вырванных у них угрозами и пытками.

Один из них, Аймери де Вильер, заявил комиссии: «Если я должен буду погибнуть на костре, я не выдержу и уступлю, ибо слишком боюсь смерти. Я признал под присягой перед вами и признаю перед кем угодно все преступления, вменяемые ордену, я признаю, что убил бога, если от меня этого потребуют». Но напрасно тамплиеры клялись перед посланцами папы в своей невиновности. Церковные иерархи трепетали перед Филиппом и, чтобы самим не обжечься, готовы были бросить в огонь своих братьев по церкви – тамплиеров независимо от того, были ли они виновны или нет в инкриминируемых им преступлениях.

Между тем рассерженный вызывающим поведением некоторых арестованных, разоблачивших перед комиссией Нарбонского архиепископа преступные действия инквизиции, силой вырвавшей у них позорящие орден показания, Филипп решил прекратить дальнейшую возню вокруг тамплиеров.

10 мая 1310 года открылся Санский собор в Париже под председательством архиепископа Филиппа де Маринье, брата королевского министра Энгеррана, доверенного человека короля.

Собор объявил отказавшихся от своих прежних показаний и настаивавших на своей невиновности тамплиеров еретиками, повторно впавшими в ересь, и повелел комиссии Нарбонского архиепископа без промедления предать их огню. Хотя представители комиссии пытались отсрочить казнь, в тот же день 54 тамплиера, провозгласивших себя невиновными в ереси, были посажены на телеги и отвезены в поле рядом с монастырём св. Антония, где их предали мучительной смерти на медленном огне. К чести казнённых следует сказать, что ни один из них не пожелал ценой нового «признания» в ереси спасти себе жизнь.

Через несколько дней собор предал огню ещё четырёх упорствовавших тамплиеров. Другие поместные соборы тоже не бездействовали: Реймский собор сжёг девять тамплиеров, в Пон де д’Арке сожгли троих, несколько «упорствующих» было казнено в Каркассоне.

Одновременно с этими казнями соборы примиряли с церковью и выпускали на свободу тех тамплиеров, которые, признавшись в ереси, отрекались от неё. Таких было подавляющее большинство.