Зампредами, оставшимся от предыдущего председателя, были первый заместитель, генерал-полковник Николай Степанович Захаров, и генерал-майор Лев Иванович Панкратов. Два других заместителя Семичастного – начальник Второго Главка, генерал-лейтенант Сергей Григорьевич Банников и бывший председатель КГБ при СМ Белорусской ССР, генерал-лейтенант Александр Иванович Перепелицын лишились своей должности в июле-августе 1967 года. Вскоре после своего назначения Андропов пригласил работать одним из своих замов Ардалиона Николаевича Малыгина, который до этого был заведующим сектором органов госбезопасности Отдела административных органов ЦК КПСС. Еще два зама, генерал-майор Семён Кузьмич Цвигун и генерал-лейтенант Георгий Карпович Цинёв были рекомендованы непосредственно Брежневым. Вместе с Малыгиным они заняли смежные кабинеты на 4-м этаже в здании на Лубянке. Еще одним замом Андропова 4 сентября 1968 года был назначен также фронтовик, прошедший всю войну с первого дня до последнего, полковник, затем генерал-майор Виктор Михайлович Чебриков

Как видим, вырисовывается интересная закономерность – среди «мозгового штаба» Андропова нет ни одного представителя ПГУ, да и вообще разведчика – если не считать, что Цвигун, впоследствии первый заместитель Андропова, в 1942 году действовал по линии 4‑го Управления НКВД Судоплатова и занимался организацией партизанских отрядов, хотя затем был переведен в контрразведку «Смерш».

Лишь в 1978 году зампредом Андропова стал начальник ПГУ Владимир Александрович Крючков, который 1 октября 1988 года становится Председателем КГБ СССР. С этого момента роль разведчиков в руководстве КГБ стала стремительно возрастать. Зампредом стал новый начальник ПГУ Леонид Владимирович Шебаршин, а Второй Главк (контрразведку) возглавил бывший заместитель начальника ПГУ профессиональный разведчик Виктор Фёдорович Грушко, который даже стал первым заместителем Председателя. Начальником Аналитического управления КГБ СССР и членом Коллегии КГБ СССР был назначен еще один заместитель начальника ПГУ, профессиональный разведчик Николай Сергеевич Леонов. Начальником Секретариата КГБ СССР стал начальник Службы № 1 ПГУ профессиональный разведчик Александр Николаевич Бабушкин. Этот список можно продолжать.

17 июня 1991 года на закрытом заседании Верховного Совета СССР Крючков озвучил секретную записку Андропова «О планах ЦРУ по приобретению агентуры влияния среди советских граждан», датированную 1977 годом. В записке говорилось, что «американская разведка ставит задачу осуществлять вербовку агентуры влияния из числа советских граждан, проводить их обучение и в дальнейшем продвигать в сферу управления политикой, экономикой и наукой Советского Союза. ЦРУ разработало программу индивидуальной подготовки агентов влияния, предусматривающую приобретение ими навыков шпионской деятельности, а также их концентрированную политическую и идеологическую обработку». В записке подчеркивалось, что основное внимание ЦРУ будет обращено на советских граждан, «способных по своим личностным и деловым качествам в перспективе занять важные административные должности в партийном и советском аппаратах».

Существовал и список агентов влияния – это так называемый «Список 2200» или «Список Крючкова». Именно столько в нем фигурировало фамилий. Во главе списка, о чем можно догадаться по свидетельствам генерал-лейтенанта Николая Сергеевича Леонова и генерал-майора Юрия Ивановича Дроздова, находились имена А.Н. Яковлева и Э.А. Шеварднадзе. Оставалось «огласить весь список» и приступить к арестам. Почему этого не произошло?