Работа Уилкинса произвела большое впечатление на Рэндалла, который устроил его в Бирмингемский университет с условием приступить к делу в январе 1940 г. В этот период Рэндалл вел жестокую борьбу с Марком Олифантом за первенство в теме, которую каждый из них считал своим выдающимся изобретением. Речь шла о резонаторном магнетроне. Когда это устройство работало хорошо, то обеспечивало микроволновую радиолокацию, что позволяло обнаруживать в воздухе такие объекты, как, например, немецкие самолеты, уничтожавшие Британию физически и морально. На первом этапе разработки прибор не обладал надежностью и плохо «держал» частоту. Задача Рэндалла была в том, чтобы увеличить надежность, и скоро ему это удалось, что заслуженно называют в числе важнейших изобретений, сделанных из-за Второй мировой войны{146}. Однако Олифант блокировал запросы Рэндалла о финансировании, чтобы получить свою долю признания за создание магнетрона. В свою очередь, физики, работавшие в лаборатории Рэндалла, запирали двери кабинетов всякий раз, когда являлась команда Олифанта, а по вечерам запирали и ящики своих письменных столов. Эта междоусобица сильно тревожила Уилкинса, особенно когда казалось, что Британия проигрывает нацистской Германии{147}.
К большой досаде Джона Рэндалла, Уилкинс в 1944 г. ушел из его лаборатории и принял приглашение Олифанта присоединиться к новому, созданному в военное время физическому отделу – Бирмингемской взрывотехнической лаборатории. После того как два старших сотрудника – Рудольф Пайерлс и Отто Фриш, эмигрировавшие из нацистской Германии из-за преследования евреев, – установили, что для создания атомной бомбы потребуется меньше урана, чем считалось сначала, отдел Олифанта был направлен в Соединенные Штаты для участия в Манхэттенском проекте, который можно считать крупнейшим научным проектом того времени. Уилкинса отправили в Калифорнийский университет в Беркли к легендарному физику-ядерщику Эрнесту Лоуренсу, которому в 1939 г. присудили Нобелевскую премию по физике за изобретение и усовершенствование циклотрона и за полученные с его помощью результаты. Уилкинсу было поручено найти способы выпаривания урана, но решение ускользало от него, и наконец Лоуренс сделал это сам. Хотя Уилкинс имел допуск к материалам более низкой степени секретности, чем Лоуренс и Олифант, он знал, что участвует в создании оружия массового уничтожения. Как и многие другие ученые-пацифисты, занятые в исследованиях военного назначения, он оправдывал эту работу опасностью победы нацистской Германии и Японии. Но она ему вовсе не нравилась.
Когда война закончилась, Уилкинс с облегчением распрощался с «деланием бомбы»{148}. Его отвращала не только неуправляемая смертоносность ядерного оружия, но и секретность – необходимая в военное время, она становилась обычной в деятельности почитаемых им ученых и плохо влияла на научную среду. Он наивно верил, что настоящая наука развивается только в атмосфере открытости и сотрудничества{149}. Негативное отношение Уилкинса к ядерному оружию не осталось незамеченным. В американской (ФБР) и британской (МИ-5) разведывательных службах подозревали, что один из новозеландских или австралийских ученых, участвовавших в Манхэттенском проекте, сливает совершенно секретную информацию. С 1945 до по крайней мере 1953 г. Уилкинс находился под наблюдением МИ-5. Ничего подозрительного так и не нашлось, хотя один из осведомителей называл Уилкинса странным непрактичным типом, карикатурным ученым и не то чтобы коммунистом, но социалистом