Как и все государственные органы, таможенные органы осуществляют таможенный контроль, руководствуясь рядом принципов (ст. 358 ТК РФ):

1) принцип выборочности. При проведении таможенного контроля таможенные органы исходят из этого принципа и, как правило, ограничиваются только теми формами контроля, которые достаточны для обеспечения соблюдения таможенного законодательства РФ.

Например, форма досмотра (т. е. процедура, обеспечивающая непосредственный доступ к содержимому контролируемого объекта путем вскрытия внешних и внутренних упаковок товаров, чтобы установить их назначение, свойства и параметры) проводится по решению должностного лица таможенного органа, принятого по причине подозрения, вызванного неправильно оформленными таможенными документами, нарушениями в упаковке товаров, контролируемыми поставками товаров, нарушением атрибутов таможенного обеспечения товаров и др. Выборочность таможенного контроля, по сути, является выборочностью форм таможенного контроля, так как выборочной может быть лишь форма;

2) принцип использования системы управления рисками при выборе формы таможенного контроля, т. е. системы вероятностей несоблюдения таможенного законодательства РФ. Данный принцип осуществления таможенного контроля направлен на профилактику правонарушений в сфере таможенного дела, а именно использования ресурсов таможенных органов для предотвращения нарушений таможенного законодательства;

3) принцип применения метода анализа рисков для определения товаров, транспортных средств, документов и лиц, подлежащих проверке, и степени такой проверки, т. е. определение той группы товаров, видов документов, на которые при проведении таможенного контроля следует обращать более пристальное внимание и подробное (детальное) изучение;

4) принцип системы мер оценки рисков. Федеральные органы исполнительной власти, уполномоченные в области таможенного дела, определяют стратегию таможенного контроля, исходя из данного принципа;

5) принцип сотрудничества. В целях совершенствования таможенного контроля федеральный орган, уполномоченный в области таможенного дела, сотрудничает с таможенными органами иностранных государств, заключает с ними соглашения о взаимной помощи.

В случаях если таможенные органы иностранного государства устанавливают правонарушителей, а по каким-либо причинам не были задержаны на их территории, в таком случае ставят в известность таможенный орган того иностранного государства, от которого получена информация;

6) принцип огласки фактов таможенных правонарушений.

Федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела, и другие таможенные органы в целях повышения эффективности таможенного контроля стремятся ко взаимодействию с участниками ВЭД, перевозчиками и иными организациями, деятельность которых связана с осуществлением внешнеторговой деятельности, и их профессиональными объединениями (ассоциациями);

7) правом проводить таможенный контроль обладают исключительно таможенные органы и исключительно в рамках, установленных действующим таможенным законодательством.

Таможенные льготы – это определенные законодательством преимущества, состоящие в освобождении товаров от таможенных платежей.

Таможенные льготы применяются в отношении товаров: перемещаемых через границу дипломатическими, консульскими и иными официальными лицами иностранных государств, международных организаций, их персоналом; предназначенных для личного и семейного пользования; отдельных категорий иностранных лиц, пользующихся привилегиями и (или) иммунитетом на территории РФ в соответствии с международным договором РФ (п. 1 ст. 298 ТК РФ).