Имя отца Иоанна не сходило с газетных страниц. Его враги и тайные недоброжелатели (а их было очень много) словно соревновались друг перед другом в злословии и клевете.

«…Смущали их и карета, в которой ездил отец Иоанн, и собственный его пароход, и шелковые рясы, и бриллиантовые кресты, которые он носил. О, близорукие люди! Они не знали, что для самого отца Иоанна шелк имел такое же значение, как и рогожа; что бриллианты для него были не дороже песка, который мы попираем ногами, что все подобные знаки почитания и любви он принимал не для себя, а ради любивших его, дабы не оскорбить их добрые чувства к нему и расположение к тому святому делу, которому служил он всю жизнь свою», – с горечью писал об этом митрополит Антоний (Храповицкий).

Особенно много неприятностей доставляли отцу Иоанну его особо рьяные почитатели, которых пресса окрестила «иоаннитами». В своем преклонении они зашли так далеко, что во всеуслышание называли отца Иоанна новым воплощением Иисуса Христа, Господа Саваофа или пророка Илии. К началу XX века из иоаннитов образовалась особая секта (у них была даже своя «Богоматерь» – Порфирия Киселева), которая не подчинялась ни церковным властям, ни самому Иоанну Кронштадтскому.

Называя себя «апостолами батюшки Иоанна», иоанниты разъезжали по российской глубинке, последними словами клеймили Церковь и духовенство и превозносили отца Иоанна Кронштадтского как «единственного» в России правильного пастыря. Они призывали неграмотный народ в деревнях бросать работу, продавать дома и ехать спасаться в Кронштадт – этот «второй Иерусалим».

По просьбе Священного Синода отец Иоанн несколько раз самолично разбирался с нелепыми баснями, делал публичные заявления, что он не имеет никакого отношения к «невежественным и неосмысленным» людям, но ересь иоаннитов оказалась на редкость живучей.

К сектантам примкнули многочисленные мошенники, которые «причащали» в глубинке доверчивый народ святой водой из Андреевского собора – «всего по рублику», торговали песком, по которому якобы ходил отец Иоанн, и под видом пожертвований для батюшки вымогали деньги. В Кронштадте появились якобы «филиалы» Дома трудолюбия, приюты и частные работные дома, где эксплуатировался детский труд. Громкие скандальные истории выходили на поверхность – и снова в них звучало имя кронштадтского пастыря, раздражая церковные власти и вызывая насмешки либеральной общественности.

Конечно, больше всех от иоаннитов и, в особенности от иоанниток, настрадался сам отец Иоанн – обезумевшие женщины даже кусали его в храме во время причастия, чтобы «причаститься святой кровью».

Сильно возмутил отца Иоанна получивший широкое распространение в народе акафист, сочиненный неким крестьянином Иваном Пономаревым, в котором кронштадтский пастырь воспевался как «Бог во плоти», «Судия всему миру», «Триединый Господь». Отец Иоанн ответил сочинителю публично, напечатав в 1903 году в газете «Костромские ведомости» открытое письмо: «Чего, чего ты не нагромоздил, каких неподражаемых богохульств? Никакому здравомыслящему человеку читать невозможно бесчисленных несуразностей в твоем книгомарательстве».

К началу XX века популярность отца Иоанна в России достигла невероятных масштабов: народ почитал его, как нового Николая Чудотворца, и, может быть, даже еще больше, ведь чудеса происходили у всех на глазах. В каждом городе на ярмарках продавались большие фотографии отца Иоанна с надписью «Дорогой батюшка», платки, кружки и другие сувениры с его изображением, открытки с видами Кронштадта и Андреевского собора, Чехов писал после поездки на Сахалин: «В какой бы дом я ни заходил, я везде видел на стене портрет отца Иоанна Кронштадтского».