Среди неверных благочестивый старец сохранял свою христианскую веру. Несмотря на увещевания татар принять их религию, он остался непреклонен и возлагал все свое упование на Пресвятую Богородицу. Однажды священник пас овец, утешая себя в тяжкой неволе пением церковных молитв и славословий в честь Богоматери. Проезжавшие к хану послы Московского царя, услышав это пение, узнали в пастухе-старце русского священника и выкупили его из плена. Боголюб вернулся в родное Отечество и поселился на прежнем месте, где стояла часовня с иконой. Вскоре он нашел брошенные татарами части чудотворной иконы, сложил их вместе, и они тотчас же срослись настолько плотно, что не осталось и следа; только в том месте, где была расколота икона, показалась «аки роса». Жители Рыльска, узнав о чуде, прославили Бога и Его Пречистую Матерь. Обновив церковь Рождества Богородицы, построенную Шемякой, они снова попытались перенести сюда святую икону, но она опять чудесным образом возвратилась на место своего явления. Тогда выстроена была новая часовня, в которой икона «Знамение» и пребывала около двухсот лет, непрестанно источая чудеса.

Икона Божией Матери «Знамение» Курская-Коренная

Город Курск, бывший в запустении после разорения полчищами Батыя, был восстановлен в 1597 году повелением царя Феодора Иоанновича. Благочестивый царь, много слышавший о чудесах иконы, выразил желание видеть ее, и она была доставлена в Москву. Здесь ее встретили с большими почестями. Царь совершил пред нею не одно усердное моление, а царица Ирина Феодоровна украсила святую икону богатой ризой с жемчугом, драгоценными камнями и атласной пеленой, шитой золотом. По повелению государя икона была вставлена в серебряную позолоченную раму с изображением Господа Саваофа вверху и пророков со свитками по бокам. Затем икона была возвращена в часовню. В том же году при содействии царя на месте часовни был основан монастырь и воздвигнута церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Первым его игуменом стал рыльский священник Георгий, в монашестве Евфимий. В том же году под горой, у самой реки, над источником, который образовался при обретении иконы, построена была другая церковь, во имя «Живоносного Источника». Основанный монастырь стал называться Коренной пустынью в память явления иконы при корне дерева.

При нашествии крымских татар икона для большей безопасности была перенесена из Коренной пустыни в Курск, в соборный храм, а в пустыни был оставлен точный список с нее. Царь Борис Годунов питал большое благоговение к этой иконе и в благодарность за спасение Курска от голода сделал много ценных пожертвований на украшение иконы. Благоговение русских православных людей к иконе «Знамение» было столь велико, что даже самозванец Лжедимитрий, желая мнимым благочестием привлечь к себе сторонников, велел принести в свой стан икону и молился пред ней. Затем он взял ее с собою в Москву и поставил в царских хоромах, где она оставалась до 1615 года.

Во время отсутствия чудотворной иконы Богоматерь не оставляла город Курск Своей благодатной помощью. В 1612 году польский полководец Жолкевский с большим войском осадил Курск. При самом начале осады некоторые граждане видели Богоматерь с двумя светлыми иноками, осеняющую город. Пленные поляки рассказывали, что и они также видели на стенах города Жену с двумя светлыми мужами, Которая грозила в сторону осаждавших. Во время осады города жители не раз совершали крестные ходы вокруг города и дали обет в случае освобождения от вражеского нашествия построить в городе монастырь в честь Пресвятой Богородицы и поставить в нем чудотворную икону «Знамение». Неприятели вскоре сняли осаду и отступили от Курска с большими потерями. В благодарность Небесной Заступнице курские граждане устроили монастырь во имя Знамения Пресвятой Богородицы. В 1615 году по особому прошению курских жителей царь Михаил Феодорович повелел возвратить чудотворный образ из Москвы в Курск и поставить его в курском соборном храме. В 1618 году с дозволения царя икона была перенесена в собор Знаменского монастыря.