Но еще большие испытания ждали их впереди – в скором времени началось первое полномасштабное гонение. Оно было связано с именем одного из семи мужей, избранных апостолами для служения, Стефаном. Представители одной из иерусалимских синагог обвинили Стефана в богохульстве – в результате он был схвачен, предстал перед синедрионом и казнен. После этого преследования обратились и на других последователей Христа. Многие скрылись, и лишь двенадцать апостолов по-прежнему оставались в Иерусалиме.

Гонение способствовало росту Церкви – апостол от 70 – Филипп – отправился в Самарию, где проповедовал Христа. Благодаря его проповеди многие самаряне уверовали и крестились. Однако, будучи лишь диаконом, Филипп не мог призвать на уверовавших благодать Духа Святого. О своей нужде он известил апостолов в Иерусалиме. Иерусалимская община была обрадована тем, что, несмотря на гонение, христианская проповедь продолжается. По всеобщему мнению благословить новообращенных и призвать на них благодать Святого Духа должны были лидеры иерусалимской общины – Петр и Иоанн. Так апостол Иоанн вместе с Петром отправился в Самарию; там они призвали на новообращенных благодать Святого Духа. После этого: Они же, засвидетельствовав и проповедав слово Господне, обратно пошли в Иерусалим и во многих селениях Самарийских проповедали Евангелие (Деян. 8, 25). Это последние упоминание Деяний апостольских об Иоанне Богослове.

Из Предания известно, что некоторое время после окончания гонения двенадцать апостолов бросили жребий, куда кому отправиться – апостол Иоанн должен был проповедовать в Малой Азии. Однако ему пришлось повременить с проповедью вне Иерусалима – Иоанн по слову Господа продолжал заботиться о Божией Матери. Так что согласно свидетельству апостола Павла, когда он вернулся из Аравии в Иерусалим, апостол Иоанн все еще жил там. Проповедуя в Иерусалиме, Иоанн обрел учеников, ближайшим из которых был Прохор – впоследствии его сотрудник.

После Успения Богородицы Иоанн, взяв с собой Прохора, покинул Иерусалим и отправился в Малую Азию.

Апостол Иоанн с Прохором отправились в Иоппию, где сели на корабль; однако вскоре разразилась буря, и они потерпели кораблекрушение. Выбравшись на берег, они обнаружили, что находятся близ Эфеса.

Придя в Эфес, Иоанн и Прохор нанялись на работу к содержательнице общественных бань Романе и практически попали к ней в кабалу. Поскольку в свое время строительство бань сопровождалось жертвоприношением, в бане обитал нечистый дух. По проискам этого нечистого духа в бане погиб сын знатного горожанини Диоскорида Домн. Романа, переживавшая о смерти юноши, обвинила в случившемся апостола Иоанна. В ответ Иоанн начал молиться и по его молитве Бог воскресил юношу. Это произвело огромное впечатление на Роману – она решила, что в ее доме оказался какой-либо бог.

Иоанн же начал проповедовать ей Христа. В результате его проповеди в христианство обратились и Романа и Диоскорид, и Домн. Кроме того, своими молитвами апостол изгнал из бани нечистого духа.

Некоторое время спустя, во время праздника Артемиды, Иоанн вышел на площадь, обличая язычников. В ответ они стали кидать в апостола камни, но ни один из камней не попал в него. Внезапно настал великий зной, от которого многие падали замертво – все были напуганы. Иоанн помолился Богу и все пришли в нормальное состояние. Многи после этого уверовали и крестились.

Там же, на некотором месте, называемом Тихи, Иоанн исцелил расслабленного, лежавшего двенадцать лет. Исцеленный прославил Бога. Пребывая в Эфесе, Иоанн совершил также много других чудес.