Примерно в это же время апостол Иоанн становится свидетелем беседы Господа Иисуса с Никодимом. Как известно, Никодим пришел побеседовать со Спасителем ночью, так что, возможно, другие ученики уже спали или же не сочли эту беседу достойной последующего упоминания. На апостола же Иоанна беседа произвела сильное впечатление.

После Пасхи Господь Иисус Христос с учениками на некоторое время задержались в Иудее. Причем они остановились вблизи Иордана, недалеко от того места, где проповедовал и крестил Иоанн Предтеча. Также как и Предтеча, апостолы, по указанию Спасителя, крестили приходящих крещением покаяния. Так апостол Иоанн вновь оказался в тех местах, где жил во время ученичества у Предтечи. Но его бывшие сотовариши восприняли деятельность Христа с ревностью – они жаловались Иоанну Предтече, что: Тот, Который был с тобою при Иордане и о Котором ты свидетельствовал, вот Он крестит, и все идут к Нему (Ин. 3, 26). Но он сам вновь засвидетельствовал об Иисусе, как о Христе – Мессии. Впоследствии апостол Иоанн напишет об этом свидетельстве в Евангелии.

Но в Иудее Господь Иисус с учениками оставались недолго – зарождавшаяся вражда фарисеев заставила их покинуть берега Иордана и отправиться в Галилею. По дороге в Галилею они проходили через Самарию, где близ городка Сихема Спаситель беседовал с самарянкой. Возможно, единственным свидетелем этой беседы стал именно апостол Иоанн, поскольку, несмотря на подробное описание, он упоминает, что другие ученики отлучились в город купить пищу.

По возвращении в Галилею Иоанн, подобно своим сотоварищам по апостольству, совмещает общение со Спасителем с повседневным трудом, помогая отцу и старшему брату Иакову в рыболовстве.

Однако вскоре все меняется – житейские заботы отходят на второй план. Господь Иисус ставит Своих учеников перед выбором, и они откликаются на Его призыв. Вот как Евангелие рассказывает об этом событии: Он увидел Иакова Зеведеева и Иоанна, брата его, также в лодке починивающих сети; и тотчас призвал их. И они, оставив отца своего Зеведея в лодке с работниками, последовали за Ним (Мк. 1, 19–20).

Спаситель называл Иоанна и его брата Иакова – «Воанергес» – сыновья грома. Они вместе с апостолом Петром стали Его ближайшими учениками.

Вскоре после призвания апостолов все они во главе с Господом Иисусом направились в Иерусалим на празднование Пасхи и стали там свидетелями события, впоследствии описанного в Евангелии от Иоанна – исцеления расслабленного при Овчей купели. Кроме того, апостол Иоанн запомнил и впоследствии описал в Евангелии проповедь Спасителя в Иерусалиме.

Из Иерусалима все они возвратились в Галилею. Именно здесь произошло избрание двенадцати апостолов: В те дни взошел Он на гору помолиться и пробыл всю ночь в молитве к Богу. Когда же настал день, призвал учеников Своих и избрал из них двенадцать, которых и наименовал апостолами (Лк. 6, 12–13). Во всех апостольских списках известных из синоптических Евангелий Иоанн упомянут третьим или четвертым.

Но даже среди двенадцати апостол Иоанн по-прежнему был одним из самых близких к Господу учеников. Это выразилось в том, что Иоанн вместе с Петром и своим братом Иаковом становится свидетелем воскрешения дочери Иаира. Поначалу Господь отправился в дом начальника синагоги Иаира, просившего об исцелении умирающей дочери, со всеми двенадцатью учениками, а потом: приходят от начальника синагоги и говорят: дочь твоя умерла; что еще утруждаешь Учителя? Но Иисус, услышав сии слова, тотчас говорит начальнику синагоги: не бойся, только веруй. И не позволил никому следовать за Собою, кроме Петра, Иакова и Иоанна, брата Иакова