Интерес к Херсонесу как к православной святыне постоянно возрастал. В 1872 года ценную коллекцию древних предметов из раскопок херсонесского городища показывали посетителям Всероссийской политехнической выставки. Архимандрит Евгений отобрал для демонстрации в Москве 145 экспонатов, которые составляли значительную часть экспозиции монастырского музея. Среди них были беломраморные колонны и капители средневековых базилик, христианские надгробные памятники, металлические образки и медальоны, множество крестов и украшений. Всем этим древним ценностям не суждено было вернуться в Херсонес: они вошли в коллекции учрежденного в Москве Хранилища памятников русской истории. Однако не только Москва была заинтересована в пополнении своих коллекций из раскопок в Херсонесе. На протяжении многих лет монастырь посылал древние находки в Одессу на имя местного Общества истории и древностей (ООИД). Члены Общества полагали, что хранение таких находок не может иметь место в христианской обители.

Настоятелем Херсонесского монастыря после смерти архимандрита Евгения становится игумен Анфим. Благодаря стараниям отца Анфима в 1876 году обер-прокурор Святейшего Синода Православной Российской Церкви счел необходимым выделять из средств Синода ежегодно одну тысячу рублей для производства раскопок и реставрации памятников древнего Херсонеса. Учитывая значительный вклад игумена Анфима в изучение херсонесских древностей и в заботу о христианских святынях, ООИД избирает его своим действительным членом.

О совместных усилиях Общества с Херсонесским монастырем по популяризации археологических памятников и их охране свидетельствует подготовленное для публикации объявление следующего содержания: «Императорское Общество истории и древностей имеет честь покорнейше просить господ любителей древностей, желающих осмотреть местность древнего Херсонеса и производимые в ней Обществом раскопки, обращаться к настоятелю монастыря Святого Владимира для получения проводника из монашествующих лиц, могущих дать господам посетителям нужные объяснения. Без такого проводника вход в означенную местность воспрещается».

Ежегодные средства, выделяемые Синодом на производство работ в Херсонесе, направлялись на имя настоятеля монастыря, который оплачивал труд заведующего раскопками, рабочих, техников, чертежников, охранников. Основной рабочей силой на херсонесских раскопках в течение многих сезонов были нижние чины Черноморской, а затем Керченской минной роты. Военная команда не обеспечивала должного порядка на раскопках, нередко некоторые ценные монеты и другие найденные на раскопках предметы разворовывались и продавались любителям и торговцам древностями.

К археологическим исследованиям Херсонеса, проводимым ООИД и Херсонесским монастырем, специалисты и общественные деятели относились неоднозначно. В прессе можно было встретить полное одобрение их деятельности, а иногда звучали и негативные суждения по поводу проводимых там методов раскопок, как правило, от лиц, желавших самим возглавить проведение раскопок в Херсонесе. Право возглавить дальнейшее изучение Херсонеса должно быть передано Московскому археологическому обществу, утверждала его председатель графиня П. С. Уварова. Летом 1887 года она послала на имя императора Александра III специальную записку, в которой ярко описала бедственное состояние развалин «древнейшей святыни земли Российской». По мнению графини, основную долю вины за сложившееся положение следует возложить на тех, «которые более других должны дорожить первыми христианскими древностями народа русского» – на администрацию и монахов местного монастыря. В записке прослеживалась определенная тенденциозность и желание выдать за действительное явно ложные факты.