Впоследствии, в 1855 году между Россией и Японией был заключен Симодский трактат, благодаря которому равноапостольный святитель Николай и смог приехать в Японию. Согласно этому трактату для русских в Японии вводилась, по существу, консульская юрисдикция. Курильские острова к северу от острова Итуруп объявлялись владениями России, а Сахалин продолжал оставаться как совместное, нераздельное владение двух стран. Однако, несколько лет спустя вновь возникли территориальные споры из-за Курильских островов и острова Сахалин. Противоречия сторон были разрешены в 1875 году с подписанием Санкт-Петербургского договора, согласно которому Россия уступала Японии все Курильские острова в обмен на полноправное владение Сахалином.

К началу XX века противоречия между Японией и Россией вновь обострились. Император Николай II и его окружение считали очень важным усиление российского влияния на Дальнем Востоке – так называемая «Большая азиатская программа». Японское же правительство считало, что решающим на Дальнем Востоке должно быть именно японское влияние. В результате интересы Японии и России столкнулись в Маньчжурии и Корее.

Россия при поддержке европейских держав вступилась за Китай и Корею, которые по результатам японо-китайской войны не только попали в сферу влияния Японии, но и лишились части территорий, в частности Ляодунского полуострова в Маньчжурии. Однако, в результате русской интервенции в Маньчжурию Ляодунский полуостров отошел к России. Кроме того Россия претендовала на лесные концессии в Корее.

Все это привело к резкому обострению русско-японских отношений и не могло не сказаться на Русской Духовной Миссии в Японии. Против владыки Николая и его паствы выступили все крупные издания, формирующие общественное мнение. Вот как писала о Православии газета «Нихон»: «Православная церковь является злостным местом, откуда сыплются проклятия на голову Японии и где молятся о ее поражении. Она всегда была центральным агентством шпионов, состоящих на русской службе. Японцам ненавистен купол русского собора, который, возвышаясь над всем городом, как бы шлет презрение самому императорскому дворцу, ненавистен храмовый колокол, который каждое воскресное утро своим гвалтом докучает мирному сну жителей». [1, с. 54]

Газеты называли святителя «ротаном» – то есть русским шпионом. Православные христиане назывались в Японии «Никораи но яцу», то есть николаевские негодяи, или «Суругадаи но яцу», то есть суругадайские негодяи. Устраивались открытые провокации. В частности, известен случай, когда некий японец начал шантажировать святителя, требуя денег и предлагая, с одной стороны, доставить ему секретные сведения, а в случае отказа донести на владыку как на русского шпиона. Но святой сам обратился к властям с просьбой оградить его и Миссию от подобных провокаций.

Предчувствуя войну, святитель Николай молился о примирении России и Японии, так как от грядущего конфликта, по его мнению, произойдут только беды для обеих стран. Но, к сожалению, его молитвы не возымели действия и война между Японией и Россией все-таки разразилась.

В 1903 году спор из-за русских лесных концессий в Корее и продолжающейся русской оккупации Маньчжурии привел к резкому обострению русско-японских отношений. Япония требовала, чтобы Россия очистила Маньчжурию, но император Николай II счел эти требования неприемлемыми.

27 января (9 февраля) 1904 года Япония начала войну нападением японского флота на русскую эскадру на внешнем рейде Порт-Арту-ра. Подданные России должны были покинуть Японию; в их числе был и равноапостольный Николай. Но православные японцы не хотели лишиться своего духовного отца – они просили святого остаться в Японии. И, несмотря на свою горячую любовь к России, епископ Николай принимает решение остаться со своей паствой. Посол России в Японии, барон Розен, уговаривал владыку вернуться на Родину, но святитель был непреклонен; он просил содействия, дабы ему было разрешено не покидать своей паствы.