Уже к декабрю 1881 года большое каменное здание подвели под крышу, и вчерне строительство было закончено. Но вскоре в одном из веселых домов по соседству вспыхнул пожар. Полицмейстер Кронштадта Головачев, возможно, в пику отцу Иоанну, отказался принять своевременные меры, и в новом каменном здании выгорело внутреннее убранство, а деревянное здание народного училища сгорело дотла. Однако пожар привлек новые пожертвования, кроме того, за оба здания была выплачена страховая премия, и 10 октября 1882 года Дом трудолюбия был открыт. В 1886 году при нем была построена, а в 1890 году расширена и заново освящена церковь святого благоверного князя Александра Невского. В 1888 году построен трехэтажный каменный ночлежный приют, а в 1891 году – четырехэтажный странноприимный дом.

Дом трудолюбия просуществовал в Кронштадте до 1920 года, когда все подобные заведения закрывались «за ненадобностью». Церковь при нем была уничтожена, здания странноприимного дома и попечительства стали жилыми домами.

Однако и до революции судьба Дома трудолюбия оказалась непростой. Он пережил разные фазы развития, и каждая была связана с жизнью самого отца Иоанна.

Каким-то мистическим образом судьба этого дома действительно была предопределена убийством Александра II. Как политические реформы в России зависели от жизни и смерти одного человека, так и святое дело Дома трудолюбия было целиком и полностью зависимо от отца-основателя, Иоанна Кронштадтского. Заведение жило и дышало, пока жил и дышал этот человек.

Внутренняя организация этого Дома, который разросся до размеров небольшого городка или, говоря сегодняшним языком, микрорайона, поражает новаторством, но и тщательностью и ответственностью, с которыми его создатели подошли к этому делу. Помимо прочего это было крупное учреждение просветительского характера.

Его первоосновой стали пеньковая и картузная мастерские, где в 1902 году, например, работало одновременно 7281 человек. Легкий труд был сознательно выбран, чтобы от нищих не требовалось каких-то специальных знаний и навыков. Важно было немедленно помочь им включиться в трудовую деятельность и почувствовать себя полноценными гражданами города. Но одновременно здесь открылись начальная школа и ремесленные классы для детей неимущих родителей: бесплатная начальная школа (в 1903 году обучалось 259 детей); мастерская для обучения различным ремеслам, главным образом резьбе по дереву (61 человек); рисовальный класс (около 30 человек); мастерские женского труда для девочек – шитье, кройка, вышивка (около 50 человек); сапожная мастерская.

В Доме трудолюбия была детская библиотека (в 1896 году в ней было 2687 томов) и даже своя зоологическая коллекция.

Для взрослых были открыты: воскресная школа, разбитая по степени грамотности на несколько групп (например, в 1897 году обучались 133 мужчины и 34 женщины, в основном моложе 20 лет); народные чтения (лекторий), часто с «волшебными фонарями», иногда с пением на духовные, исторические и литературные темы (в 1898 году средняя посещаемость была 264 человека); бесплатная народная читальня; платная библиотека (30 копеек в месяц).

И это еще не всё. Образовательных и просветительских заведений для бедных подобного масштаба в то время не было даже в столице, не говоря уж о губернских городах. Зато они стали появляться позже с учетом кронштадтского опыта. То, что не получалось осуществить указами царей и императоров, заработало благодаря энергии неравнодушного приходского батюшки. Это и была подлинная революция снизу. В этом виделся залог возможного обновления не только гражданского общества, но и Церкви, которая в синодальный период стала терять свое влияние на общественную жизнь.