27 марта, в первый день Святой Пасхи, адмирал назначил большое торжество, пригласивши духовенство сделать вынос мощей Угодника Божия Спиридона Тримифунтского. Народ собрался со всех деревень и с ближних островов. При выносе из церкви святых мощей расставлены были по обеим сторонам пути, по которому пошла процессия, русские войска; гробницу поддерживали сам адмирал, его офицеры и первые чиновные архонты острова; святые мощи обнесены были вокруг крепостных строений, и в это время отовсюду производилась ружейная и пушечная пальба… Всю ночь народ ликовал».

Император Павел I за победу при Корфу произвел Феодора Ушакова в адмиралы. Это была последняя награда, полученная им от своих государей.

Воздав благодарение Богу, Феодор Феодорович продолжил выполнение возложенных на него задач. Требовалось образовать на освобожденных островах новую государственность, и адмирал Ушаков, как полномочный представитель России, не поступаясь своими христианскими убеждениями, сумел создать на Ионических островах такую форму правления, которая обеспечила всему народу «мир, тишину и спокойствие». «Люди всех сословий и наций, – обращался он к жителям островов, – чтите властное предназначение человечности. Да прекратятся раздоры, да умолкнет дух вендетты, да воцарится мир, добрый порядок и общее согласие!..» Феодор Ушаков, будучи верным слугой Царю и Отечеству, ревностно отстаивал интересы России, и в то же время как христианин, как человек «доброты необыкновенной», он движим был искренним желанием дать греческому населению – друзьям России, единоверцам, недавним соратникам в освобождении островов «от зловредных и безбожных французов» – спокойствие и благополучие. Так образовалась Республика Семи Соединенных Островов – первое греческое национальное государство нового времени. Феодор Ушаков, показавший здесь себя великим сыном России, говорил впоследствии, что «имел счастие освобождать оные острова от неприятелей, установлять правительства и содержать в них мир, согласие, тишину и спокойствие…»

В то же время, попущением Божиим, пришлось Феодору Феодоровичу претерпеть великие нравственные страдания. Прежде всего, некоторые турецкие военноначальники, разгневанные строгими мерами русского адмирала, решительно пресекавшего жестокости и кощунства турок, грабивших церкви и разорявших иконостасы, начали клеветать на Феодора Ушакова, обвиняя его перед русским посланником в Константинополе Томарой в том, что адмирал-де неправильно распределяет между союзными эскадрами призовые, полученные за победу, к тому же присваивая их себе… Честный и нестяжательный Феодор Феодорович должен был объясняться. Со скорбью писал он посланнику: «Я не интересовался нигде ни одной полушкою и не имею надобности; Всемилостивейший Государь мой Император и Его Султанское Величество снабдили меня достаточно на малые мои издержки. Я не живу роскошно, потому и не имею ни в чем нужды, и еще уделяю бедным и для привлечения разных людей, которые помогают нам усердием своим в военных делах. Я не имею этой низости, как злословит меня Капудан-паша…» И в другом письме: «Все сокровища на свете меня не обольстят, и я ничего не желаю и ничего не ищу от моего малолетства; верен Государю и Отечеству, и один рубль, от Монаршей руки полученный, почитаю превосходнейше всякой драгоценности, неправильно нажитой».

Было и другое: лучшие качества Феодора Ушакова как воина-христианина, например, его милосердие к пленным, входили в конфликт с интересами государственной власти; сколько сердечной боли должен был испытывать адмирал, которому вышеупомянутый B.C. Томара, называя его «наш добрый и честный Феодор Феодорович», препровождал секретное распоряжение, в коем, «при изъявлении душевного почтения к полезным и славным трудам» адмирала, разъяснялось, «что намерение Высочайшего Двора есть стараться чем можно более раздражить взаимно Порту и Францию; следственно, соблюдая с вашей стороны в рассуждении французов правила войны, вообще принятые, не должно понуждать турков к наблюдению их. Пущай они что хотят делают с французами… а вам обременяться пленными не следует и невозможно». И сколько было случаев, подобных этому!