Дело это сильно затрагивало Мордвинова и Черноморское правление, и потому не было недостатка в объяснениях и опровержениях. Два 74-пушечных корабля, строившиеся тогда в Херсоне по тому же чертежу, были «Симеон и Анна» и «Св. Михаил»; и хотя польза постройки со сплошной верхней палубой не могла быть оспариваема, но, быть может, применение этого устройства именно на тех кораблях заслуживало некоторого порицания, и потому замечания, сделанные Ушаковым в этом случае, нельзя еще отнести к предубеждению против нововведения или пристрастию к старине.

В мае следующего (1798) года Мордвинов делал испытания над устойчивостью «Захария и Елисаветы» и «Св. Петра» на Севастопольском рейде, на якоре, в тихую погоду, посредством выдвигания орудий с одной стороны, размещения команды и пр., и нашел их весьма удовлетворительными, в чем согласились с ним все присутствовавшие флагманы и капитаны; но Ушаков возражал, что корабли не были в прежней погрузке своей и что испытания надлежало сделать подобно тем, какие производил он, т. е. под парусами, при свежем брамсельном ветре с гротом и фоком и пр. Мнение его не было, однако, принято, и высочайше повелено дело это прекратить.

Недовольства его с Мордвиновым, начавшиеся гораздо прежде, еще более увеличились по поводу пробы этих двух кораблей; и в каюте корабля «Св. Павел», в присутствии всех командиров судов, Мордвинов сделал ему несколько замечаний в самых резких выражениях, едва ли приличных в таком звании и столь заслуженному лицу. Строгое соблюдение чинопочитания удерживало Ушакова от возражений; но вслед за тем он написал Мордвинову, как много должны через это страдать служба, дисциплина и доверие подчиненных к начальнику, и что он болен и чувствительно огорчен «от жестокостей, беспредельно оскорбительных, вчерашний день при жалобе моей на господина флота капитана Сенявина вами мне, без всякой вины моей, и при всех со стороны моей учтивостях, последовавших».

Тогда же (8 мая 1798 года) он решился прибегнуть к правосудию государя и в письме изложил все подробности обстоятельств: «Ревность и усердие о сохранении интереса Вашего Императорского Величества, – писал он, – с некоторого времени подвергли меня гневу и негодованию моего начальника (Мордвинова)… Смерть предпочитаю я легчайшею несоответственному поведению и бесчестному служению; подчиненные усомнятся во мне в доверенности и надежде; военная дисциплина и субординация придут в упадок; кто защитит меня, не имущего покровительства, при малой и недостаточной еще моей заслуге… Всеподданнейше испрашиваю Высочайшего позволения, после окончания кампании, быть мне на малое время в Санкт-Петербурге, пасть к стопам Вашим и объяснить лично вернейшим и обстоятельнейшим донесением о состоянии тех двух кораблей».

В то время на Севастопольском рейде стояла эскадра, под флагом Ушакова, готовившаяся для военного крейсерства на Черном море, которому могло угрожать появление турецкого и даже французского флотов, и лучшим ответом императора храброму адмиралу было доверие к его личным достоинствам и избрание начальником в последующих военных предприятиях.

Впрочем, Адмиралтейств-коллегия получила высочайший указ войти в подробное рассмотрение этой жалобы; но тогда Ушаков, занятый спешным отправлением эскадры в Константинополь, отвечал Коллегии, что «объяснений с надлежащими подробностями сделать не имеет времени», и недоброжелательные поступки адмирала Мордвинова, без всякого с его стороны повода, он относит к тому, что «во время предшествовавшей войны, перед двумя старшими передо мной определен был начальствующим по флоту и по Черноморскому правлению, хотя я в оном назначении никакими происками не участвовал».