По заключению мира он немедленно приступил к починке кораблей, постройке разных мелких судов, госпиталя и казарм на местах наиболее здоровых и необходимых строений в адмиралтействе, какие тогда назначены были на плане Севастополя; заботился об учреждении дорог, рынков, устройстве колодцев и вообще снабжении города пресной водой и жизненными припасами; учредил перевоз через бухты на вольнонаемных гребных судах, загородные гулянья и пр. Соборная церковь Св. Николая, находившаяся на месте теперешней, была им перестроена и значительно увеличена.

Укрепления севастопольские и вообще устройство пограничных крепостей в том краю, равно как и построение Одесского порта, возложено было на особую экспедицию, высочайше учрежденную 25 октября 1792 года под главным управлением графа Суворова-Рымникского, командовавшего войсками в Екатеринославской губернии и Таврической области и имевшего главную квартиру свою в Херсоне.

В 1792 году Ушаков призван был императрицей на короткое время в Петербург. Екатерина пожелала видеть героя, стяжавшего себе такую громкую славу, и встретила в нем человека прямодушного, скромного, мало знакомого с требованиями светской жизни. Строгий адмирал, созданный для моря, вполне носил на себе отпечаток этого призвания и далеко не мог выражаться столь же метко и красноречиво, как заставлять говорить орудия в батареях своих кораблей.

В 1793 году, 2 сентября, Ушаков произведен в вице-адмиралы, прослужив в чине контр-адмирала три с небольшим года.

В 1793 году Суворов принял начальство над армией, двинутой для усмирения Польши, которую взволновал тогда Косцюшко; Екатеринославским же, Вознесенским и Таврическим генерал-губернатором назначен был генерал-фельдцейхмейстер князь П. А. Зубов. В ведение его и главное распоряжение поступило построение всех крепостей на юге; но, по воле государыни, ближайшее наблюдение за построением укреплений в Кинбурне и Овидиополе и устройством Одесского порта поручено было начальнику Черноморского гребного флота вице-адмиралу де Рибасу, укрепления Севастопольского порта и вообще в Тавриде перешли в заведование генерал-аншефа М. В. Каховского, а в крепости Тираспольской – князя Г. С. Волконского.

В июне 1796 года князь Зубов назначен был главнокомандующим Черноморскими флотами, с правами отдельного начальника, независимого в своих действиях от Адмиралтейств-коллегии. В кратковременное управление свое он успел только основать новую верфь, на месте, избранном де Рибасом, ниже Днепровских порогов в местечке Кинчасах, для постройки военных и транспортных судов и «распространения в полуденной стране Империи всеобщего мореплавания и торговли».

6 ноября 1796 года Екатерина отошла в вечность, и с воцарением императора Павла I многие преобразования и перемены последовали как в армии, так и во флотах. От 12 ноября того же года князь Зубов получил высочайший указ «О бытии в ведении Государственной Адмиралтейской коллегии Черноморскому правлению, со всеми флотами, портами и верфями в ведомстве сего правления состоящими»; также ей подчинялся тогда Черноморский гренадерский корпус, состоявший из четырех батальонов.

Главным командиром назначен был вице-адмирал Мордвинов; в Севастополе оставлен вице-адмирал Ушаков, которому вскоре повелено было, кроме своего начальства, постоянно доносить Таврическому и Новороссийскому генерал-губернатору графу Каховскому о состоянии Севастопольского порта, флота и команд, обо всех переменах и случаях. Контр-адмирал Пустошкин сменил вице-адмирала де Рибаса, основателя и строителя Одесского порта, приняв от него как самый порт, так и начальство над гребным флотом, для которого главным местопребыванием должен был служить Николаев.