Тот факт, что решение о возвращении религии в жизнь советского общества исходило лично от Сталина, подтверждает, что он считал политическую угрозу, которую представляла собой религия, эффективно нейтрализованной230. Тем самым перед религиозными организациями была открыта возможность стать партнерами государства в деле послевоенного восстановления народного хозяйства. Более того, после аннексии территорий Прибалтики (Эстонии, Латвии и Литвы), Молдовы, Западной Украины и Западной Белоруссии, ни одна из которых, в отличие от прочих советских территорий, не прошла в 1920–1930‐е гг. ни через кампанию воинствующего атеизма, ни через коллективизацию, на территории расширившегося Советского Союза появились тысячи церквей, священников и верующих. В то время как численность открытых церквей на неоккупированных территориях СССР в довоенный период снизилась с 3617 (в 1936 г.) до приблизительно 950 (в 1939 г.), после аннексии на территории Советского Союза было уже 8279 православных церквей, а также тысячи религиозных общин, представлявших другие конфессии – римско-католическую церковь, украинскую греко-католическую (восточного обряда, униатскую) церковь, а также сектантов, чья лояльность по отношению к советской власти была под вопросом231. Столкнувшись с вновь возникшей религиозной проблемой, Сталин рассматривал православную церковь как орудие установления контроля над западными территориями, где советская власть была наиболее слабой, и даже поддерживал православную церковь, чтобы ослабить местные доминирующие конфессии, такие как литовская католическая церковь или украинская греко-католическая церковь232. С этой целью Сталин сразу же после войны распустил и объявил вне закона украинскую греко-католическую церковь и передал ее имущество православной церкви. Сталин также считал православную церковь полезным орудием международной политики, противовесом влиянию Ватикана в Европе в условиях начинавшейся холодной войны233.
Новая советская модель церковно-государственных отношений имела явное сходство с церковно-государственными отношениями имперского периода. Так, Иван Полянский, полковник НКГБ, назначенный председателем Совета по делам религиозных культов, четко объяснил, каким он видит традиционное положение православной церкви как младшего партнера государства, не имеющего собственных политических амбиций. Как он докладывал Отделу пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) в 1947 г.,
…Подавляющее большинство религиозно настроенных граждан СССР исповедуют православие и тем самым находятся под известным влиянием Русской православной церкви, которая, следуя своей исторически сложившейся догматике, никогда не претендовала и не претендует на первенствующую политическую роль, а всегда шла и идет в фарватере государственной политики. <…> Иерархически-организационная структура православной церкви более совершенна, чем структура любого другого культа, что дает возможность более гибко и эффективно контролировать и регулировать ее внутренние процессы