Обращаясь к Патриарху, по благословению Петроградского митрополита Вениамина, председатель «Братства православных приходов» протоиерей Н. Рудницкий сказал о том, что братство объединяет людей, готовых на мученичество. В ответ Первосвятитель заметил: «Русский человек вообще умеет умирать, а жить и действовать не умеет. Задача братства не в том только, чтобы воодушевлять на мучения и смерть, но и наставлять, как надо жить, указывать, чем должны руководствоваться миряне, чтобы Церковь Божия возрастала и крепла. Наше упование – жизнь, а не смерть и могила» [3, т. 1, с. 302]. Действительно, святитель Тихон знал цену восторженности и призывал свою паству к более трезвому взгляду на жизнь. Призыв Патриарха всеми был понят по-разному. Кто-то воспринял благословение святителя и пронес веру сквозь все испытания, жизнью своей свидетельствуя о Христе. Иные же поняли этот совет как возможность бессовестной сделки с властью, оплачивая свои интересы жизнями ближних. Недаром в рядах питерского духовенства, восторженно встречавшего святителя Тихона, были почти все главари будущего обновленчества – священники Александр Введенский, Александр Боярский, Владимир Красницкий, Николай Платонов.

Для самого святителя Тихона визит в Петроград был возможностью вновь соприкоснуться с дорогими сердцу воспоминаниями – и об учебе в духовной академии, и о поездке к отцу Иоанну Кронштадтскому, и о синодальном служении. Он служил в храмах и обителях, связанных с дорогими для него местами. Еще одной великой отрадой для Патриарха было общение с владыкой Вениамином – соратником, сослужителем и другом.

19 июня (2 июля) 1918 года открылась третья сессия Поместного Собора Российской Православной Церкви. К этому времени уже были убиты и отошли в вечность Андроник Пермский и Гермоген Тобольский, впоследствии канонизированные, было замучено большое количество духовенства и мирян. Последние дни доживала в Екатеринбурге царская семья.

Видя открывшееся гонение на Церковь, члены Собора озаботились принятием определений относительно охраны церковных святынь от захвата и поругания. Также на третьей сессии продолжилась работа над составлением определений о деятельности высших органов церковного управления.

В разгар работы Собора пришло известие о расстреле императора. О том, что вместе с ним расстреляны императрица, дети и царские слуги, власти поначалу умалчивали. Умалчивали и о том, что 5 июля в 12 верстах от Алапаевска казнили великую княгиню Елизавету Феодоровну вместе с монахиней сестрой Варварой, великим князем Сергеем Михайловичем, князьями Игорем Константиновичем, Константином Константиновичем младшим, Иоанном Константиновичем, князем Владимиром Павловичем Палеем.

Узнав о казни царя, Патриарх Тихон произнес после Божественной литургии в московском Казанском соборе краткое слово: «На днях совершилось ужасное дело: расстрелян бывший государь Николай Александрович. И высшее наше правительство, исполнительный комитет, одобрил это и признал законным… Но наша христианская совесть, руководясь словом Божиим, не может согласиться с этим. Мы должны, повинуясь учению слова Божия, осудить это дело. Иначе кровь расстрелянного падет и на нас, а не только на тех, кто совершил его. Пусть за это называют нас контрреволюционерами, пусть заточат в тюрьму, пусть нас расстреливают. Мы готовы все это претерпеть в уповании, что и к нам будут отнесены слова Спасителя нашего: Блажени слышащии слово Божие и хранящии el (Лк. 11:28)»[3,т. 1, с. 550].

По всей стране продолжались бессудные расправы над духовенством, прикрывавшиеся разговорами о контрреволюции и необходимости военного времени. В августе на станции Тюрлем был замучен епископ Амвросий (Гудко), живший на покое в Свияжском монастыре. Летом в Смоленске убили епископа Вяземского Макария (Гневушева). Вместе с ним расстреляли еще 13 человек. Тогда же был арестован и казнен епископ Балахнинский Лаврентий (Князев). Та же участь постигла епископов Вольского Германа (Косолапова) и Кирилловского Варсонофия (Лебедева). 23 августа в Москве расстреляли Селенгинского епископа Ефрема (Кузнецова), а вместе с ним всероссийски известного церковного и общественного деятеля, миссионера, протоиерея Иоанна Восторгова и бывших сановников: министров внутренних дел Н. А. Маклакова и А. Н. Хвостова, председателя Государственного совета И. Г. Щегловитова, сенатора С. П. Белецкого, а также ксендза Лютостанского с братом. В этот же день в Петербурге расстреляли настоятеля Казанского собора протоиерея Философа Орнатского и двух его сыновей, служивших в гвардии. И это только наиболее известные из жертв красного террора 1918 года, во время которого погибло за веру около 15 тысяч человек – представителей духовенства и мирян.