Тем не менее, ища духовной поддержки и совета, архиепископ Тихон посетил Кронштадтского пастыря за несколько месяцев до его кончины. Они побеседовали, затем отец Иоанн сказал: «Теперь, владыка, садитесь вы на мое место, а я пойду отдохну» [5, с. 41]. В то время святитель Тихон не понял слов святого Иоанна и, лишь став Патриархом Всероссийским, вспомнил слова Кронштадтского пастыря.

В 1913 году по всей России начались торжества, связанные с 300-летием дома Романовых. В связи с этим в мае 1913 года императорская семья посетила Ярославль и Ростов. Архиепископ Тихон обратился к императору с приветственным словом, сказав: «Подобно предкам нашим, и мы со слезами радости встречаем тебя днесь, благочестивейший самодержавный государь, с августейшею твоею семьею и от всей души молим Господа, да исполнит Он и твое сердце радостью отца, о нас – чадах твоих – веселящегося, да умножит дни живота твоего и во всяком благоспоспешествии да сохранит вхождение твое и исхождение во грады и веси ярославской земли» [5, с. 43]. Можно сказать, что посещение царской семьей и двором Ярославской епархии прошло очень удачно. Была замечена и огромная популярность архиепископа Тихона.

Казалось бы, дальнейшее управление архиепископом Тихоном одной из старейших российских епархий – Ярославской – могло принести только благо. Тем не менее Высочайшим повелением от 22 декабря 1913 года архиепископ Ярославский и Ростовский Тихон переводится на Виленскую и Литовскую кафедру. Одновременно на его место перемещается архиепископ Виленский и Литовский Агафангел (Преображенский). Основания такой рокировки не до конца ясны. На этот счет выдвигалось множество версий, но наиболее вероятным представляется объяснение протоиерея Александра Рождественского: «Высшее церковное начальство, преимущественно светское, не любило, чтобы архиерей долго засиживался на одной кафедре, особенно если он приобретал там общие симпатии» [4, с. 12].

Проводы святителя Тихона, как всегда, были очень трогательными. После торжественного богослужения с архиереем простился весь город, начиная от губернатора и кончая простыми прихожанами. И клир, и миряне не могли сдержать слез. Был растроган и сам архиепископ Тихон. В порыве любви хор кафедрального собора Ярославля спел святителю Тихону «Патриаршее многолетие», сохранившееся с XVII века.

Несколько месяцев спустя городская дума Ярославля «в воздаяние заслуг и трудов по управлению епархией, а также в знак своей любви и признательности за все соделанное им почтила его титулом почетного гражданина города Ярославля» [3, т. 1, с. 184]. Вопрос об этом рассматривался в Синоде. И 15 сентября 1914 года в печати появилось сообщение о том, что «Св. Синод разрешил архиепископу Литовскому и Виленскому Тихону принять звание почетного гражданина города Ярославля» [3, т. 1, с. 184]. Было также отмечено, что подобный случай – единственный в практике Русской Церкви того времени.

24 января 1914 года святитель Тихон прибыл в Вильну, в Свято-Духов монастырь – центр православной жизни Литовской епархии. Эта епархия очень напоминала первую архиерейскую кафедру святителя – Холмщину с ее разноконфессиональным населением. Так же и в Литве особенности епархии, где рядом проживали представители разных вер и национальностей, требовали от архипастыря большого такта и широты взглядов. Поэтому, обращаясь к своей новой пастве в день вступления на Литовскую кафедру, святитель Тихон сказал: «Я сознаю всю трудность святительского служения в этом разноверном и разноплеменном крае и прошу у вас помощи в моем служении» [5, с. 47].