Ташкентский Университет открылся осенью 1920 года. Став профессором, Валентин Феликсович должен был еще больше и напряженнее трудиться каждый день, он тщательно готовился к лекциям, не считаясь со своим отдыхом и покоем. В Ташкенте свирепствовали малярия, холера, сыпной тиф. Голод на Волге гнал в Туркестан массы голодающих. Они вповалку лежали на вокзале: оборванные, покрытые вшами. Идя на кафедру, профессор встречал телеги, груженые голыми трупами. Их везли из переполненного свыше всякой меры сыпнотифозного отделения. Больные и трупы лежали даже возле больничных ворот. Перед нескончаемым потоком страдальцев у врачей опускались руки. Власти же продолжали начатую в семнадцатом году резню, которой не было видно конца. По всему Туркестану разыскивали и вылавливали тех, кто имел какое-нибудь отношение к прежнему строю: крупных и мелких чиновников царской администрации, депутатов Городской думы, офицеров. Для «бывших» не было оправданий. Их расстреливали без суда. Генерала, который проявил полное презрение к своим гонителям, застрелили в тюремной камере… через дверной глазок. В газетах писали об этом, как о событии обыденном.

Лекции студентам он читал также в священническом облачении, в облачении же являлся на межобластное совещание врачей. Перед каждой операцией молился, благословлял больных. Его коллега вспоминает: «Неожиданно для всех, прежде чем начать операцию, Войно-Ясенецкий перекрестился, перекрестил ассистента, операционную сестру и больного. В последнее время он это делал всегда, вне зависимости от национальности и вероисповедания пациента. Однажды после крестного знамения больной – по национальности татарин – сказал хирургу: «Я ведь мусульманин. Зачем же Вы меня крестите?» Последовал ответ: «Хоть религии разные, а Бог один. Под Богом все едины».

Преосвященный Иннокентий назначил о. Валентина четвертым священником собора и поручил проповедовать. «При этом он сказал мне словами апостола Павла: Ваше дело не крестити, а благовестити (1 Кор. 1: 17, 31). Он глубоко понимал, что говорил, и слово его было почти пророческим, и теперь, на тридцать восьмом году своего священства и тридцать шестом году своего архиерейства, я вполне ясно понимаю, что моим призванием от Бога была именно проповедь и исповедание имени Христова. За долгое время своего священства я почти никаких треб не совершал, даже ни разу не крестил полным чином крещения. Кроме проповеди при богослужениях, совершаемых Преосвященным Иннокентием и мною самим, я проводил каждый воскресный день после вечерни в соборе долгие беседы на важные и трудные богословские темы, привлекавшие много слушателей, целый цикл этих бесед был посвящен критике материализма. Богословского образования я не имел, но с Божией помощью легко преодолевал трудности таких бесед». [1, с. 30–32.]

О. Валентин начал спешно изучать богословие. И в этом деле ему помогал Господь Бог: через одного из слушателей бесед и диспутов – верующего букиниста, который приносил так много богословских книг, что скоро у Войно-Ясенецких образовалась значительная библиотека.

Как вспоминает проф. Ошанин, о. Валентин «ходил по городу в рясе с крестом и тем очень нервировал ташкентское начальство. Был он к тому времени главным врачом городской больницы и общепризнанным у нас первым хирургом, Председателем Союза врачей. С крестом на груди читал лекции студентам в университете. Читал хорошо, студенты его любили, хотя и побаивались. Кроме операций и преподавания, много занимался Войно-Ясенецкий живописью: писал иконы для храма и анатомические таблицы для своих университетских занятий. Власти долго все это терпели, уговаривали его бросить церковные дела, но он не поддавался». [1, с. 105–106.] Те, кто считали Войно-Ясенецкого «погибшим для науки» были, вероятно, обескуражены, повстречавшись с о. Валентином на первом научном съезде врачей Туркестана в Ташкенте в 1922 году, где священник-хирург выступил с четырьмя большими докладами и десять раз бра л слово в прениях, имея большой научный и практический опыт.