Были куплены необходимые для успешного ведения хозяйства лошади и коровы. Через несколько лет все было настолько налажено, что своего урожая монастырю хватало на целый год, а овес и сено в годы больших урожаев даже продавали. Масло и молоко в дальнейшем обитель не покупала, так как было достаточно своего. Монастырь в основном обеспечен был всем необходимым. Это позволило ему увеличить число братии.

Приводя в образцовый порядок строения и хозяйство, архимандрит не забывал и о внутренней жизни обители. Прежде всего, настоятель позаботился о том, чтобы братия ни в чем не испытывала нужды. Для монахов были устроены прекрасные кельи, хороший стол, и созданы все условия, необходимые для монастырского быта.

В монастыре была введена абсолютная чистота, поддерживавшаяся и следующими настоятелями. От братии же требовалось точное и усердное исполнение монастырского устава и всех послушаний. Через некоторое время все недостатки в жизни братии были устранены.

Улучшение материального положения обители и увеличение числа братии позволило архимандриту Игнатию хлопотать об изменении статуса обители и об официальном увеличении штата обители. Святейший Синод, на усмотрение которого представлено было это дело, 23 мая 1836 года постановил следующее определение: «Принимая в рассуждение, что Сергиева пустыня, находясь близ столицы, посещается многими богомольцами, что в ней при управлении нынешнего настоятеля нравственное состояние братии, благочестие и порядок между ними и в самом церковном служении ощутительно улучшаются, и что монашествующие ее нередко командируются во флот для морских кампаний, Святейший Синод нашел справедливым и полезным вместо предполагаемого епархиальным начальством только увеличения в этой пустыне штата иеромонахов шестью человеками, возвести оную из второго в первый класс, с присвоением ей штата людей и со держания общего для монастырей первоклассных и тем доставив пустыне способ приуготовлять большее число хороших монашествующих, поддержать достоинство ее во мнении народа, для богомоления туда стекающегося».

После изменения статуса обители архимандрит Игнатий открыл в Сергиевой пустыни школу для мальчиков из семей штатных военнослужащих и окрестных поселян.

Постепенно обитель благоукрашалась. Был заново перестроен Троицкий собор, в нем были устроены приделы во имя святых апостолов Петра и Павла и в честь Усекновения главы св. Иоанна. На средства князя М. В. Кочубея, над могилой его супруги Марии Ивановны, урожденной Барятинской, была построена каменная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Проект этого храма составлен архитектором Тибленом в норманнском стиле, а строили архитекторы Р.И. Кузьмин и Боссе. Также в Сергиевой пустыни была построена церковь во имя св. Григория Богослова, под церковью преподобного Сергия был устроен придел, в честь происхождения честных древ Животворящего Креста Господня, а в нижнем этаже Сергиевской церкви был вновь построен храм во имя Всемилостивого Спаса.

Внешнее величие и внутреннее изящество возобновленных и вновь построенных храмов дали архимандриту Игнатию возможность привести богослужение и церковное пение в образцовое состояние. Помощь в этом деле оказал протоиерей Петр Турчанинов, проживавший одно время в соседней Стрельне. По просьбе архимандрита Игнатия, он обучил церковному пению сформированный настоятелем монастырский хор и с этой целью написал для него несколько лучших своих музыкальных произведений. Строгое уставное богослужение и прекрасное пение привлекали в Сергиеву пустынь многочисленных богомольцев.