Алексею Михайловичу сразу же пришлось столкнуться с очень сложными проблемами. Несмотря на мирный договор с Турцией, крымцы не оставляли планов сокрушить донских казаков и потеснить русских. И в июле, когда еще звонили погребальные колокола по Михаилу Федоровичу, царевич Девлет-Гирей Нуреддин с войском из 5 тыс. всадников задумал прощупать наши рубежи. Россия в это время усиливала обороноспособность Дона. Здесь находились воеводы Кондырев и Красников с 4 тыс. стрельцов и «новых казаков», навербованных из добровольцев. Отстраивалась и укреплялась новая казачья столица, Черкасск. Его-то и решили разгромить крымцы. Скрытно подобрались к городку и внезапно напали на него. Но царские ратники и донцы быстро сумели сорганизоваться и дали отпор. Нуреддин отступил на Кагальник.

Атаманы Петров и Васильев с воеводами пришли к мнению, что налетчиков надо проучить. На татар выступило объединенное войско из 7100 человек. На стругах и берегом спустились по Дону, оставили суда, совершили бросок через степь и внезапно обрушились на вражеский лагерь. Неприятель стал откатываться к Азову, запросив оттуда подмогу. Из города выступил турецкий паша с 6 тыс. янычар и спагов (отборная поместная кавалерия). И теперь уже на нашу рать навалились почти вдвое превосходящие силы. Многие «новые казаки» и стрельцы были необстрелянными, набирались они из всякой вольницы. Часть их ударилась в панику, побежала. Достигнув стоянки стругов, беглецы захватили их, а некоторые порубили, чтобы турки не смогли ими воспользоваться, и удрали вверх по Дону.

Но остальное войско устояло, упорно отбивая атаки. Нуреддин понес большие потери и, выйдя из боя, повел своих всадников в Крым. После чего и паше осталось лишь повернуть обратно в Азов. Атаманы и воеводы бросили свою конницу на преследование татар и трепали их арьергарды до самого Перекопа, а пехота 6 августа возвратилась в Черкасск. С донесением в Москву поехала станица во главе с атаманом Васильевым. Молодой царь действия одобрил, в ответной грамоте похвалил «бившихся честно». И послал «нашему Донскому Войску, атаманам и казакам, нашего царского величества знамя». Дезертиров было велено бить кнутом, «чтоб такое воровство другим было не в повадку». А на будущее ставилась задача: «Крымцев и ногаев воевать, а с турскими людьми под Азовом жить мирно». То есть требовалось не провоцировать Османскую империю, но и ее хищным подданным Москва больше спускать не собиралась.

Правда разбор этого дела и выработка решений вряд ли производились самим царем. На него обрушилось новое горе. Его мать, Евдокия Лукьяновна, была женщиной скромной, незаметной, всегда держалась в тени. Но настолько сильно любила мужа, что пережила его всего на 5 недель. Алексей почти в одночасье стал круглым сиротой. И был настолько потрясен, что вместо положенных 40 дней решил принять годичный траур по родителям. Однако траур – трауром, а жизнь продолжалась. И уж тем более не ждали государственные дела. В Москве собрался Земский Собор, утвердивший царствование Алексея Михайловича и принесший ему присягу от «всей земли». А траур стал удобным предлогом замять затянувшийся скандал с Данией. Принца Вольдемара без лишнего шума выпроводили на родину – теперь свадьба царевны Ирины отменилась как бы по «уважительной причине», без «урона чести».

Смена царя вызвала и большие перестановки в правительстве. Прежнее руководство, составлявшее костяк Ближней думы – Иван Черкасский, Федор Шереметев, Никита Романов – было постепенно оттеснено на второй план. Оттеснили и Стрешневых, родственников матери царя. А на роль фактического главы правительства выдвинулся воспитатель Алексея Морозов. Он возглавил приказы Большой Казны, Стрелецкий, Аптекарский и Новой Чети (ведавший доходами от винной монополии). Руководить Посольским приказом был поставлен доверенный человек Морозова, думный дьяк Назарий Чистый. Возвысились князья Львов, Одоевский. Поднялся по служебной лестнице и Алексей Никитич Трубецкой. Он успел зарекомендовать себя на воеводстве в Тобольске и Астрахани, организуя оборону от степняков. Хорошо командовал войсками при строительстве засечных черт и угрозе войны с Турцией. Теперь же царь приблизил его к себе и произвел из окольничих в бояре.