По Преданию Церкви Мария Клеопова – дочь праведного Иосифа от первого брака. Она была ребенком, когда Пресвятую Деву Марию обручили святому Иосифу. Дева Мария жила вместе с дочерью праведного Иосифа, и они подружились, как сестры, поэтому евангелист Иоанн называет Марию Клеопову сестрой Матери Иисуса (Ин. 19, 25). Праведный Иосиф по возвращении со Спасителем и Божией Матерью из Египта в Назарет выдал замуж дочь за своего младшего брата Клеопу, поэтому она именуется Мариею Клеоповою, то есть женой Клеопы. Мария Клеопова удостоилась присутствовать при Кресте Спасителя и слышать Божественное усыновление Господом любимого ученика своего Пресвятой Богородице (см.: Ин. 19, 25–27). Она вместе с другими мироносицами по прошествии субботы поспешила ко Гробу, чтобы помазать Тело Иисусово, и здесь услышала радостную весть от Ангела о Воскресении Господа. Муж Марии, Клеопа при жизни Спасителя уверовал в Него и стал Его учеником, одним из семидесяти апостолов. По прошествии трех дней после смерти Христа, ему и апостолу Луке, направлявшимся в Еммаус явился воскресший Господь (см.: Лк. 24, 13–35). Плодом благочестивого брака Клеопы с Марией стал сын Симеон, апостол от семидесяти, сродник Господень. Память святой Марии Клеоповой празднуется Церковью в Неделю жен-мироносец.

Церковь жен-мироносиц выстроена в 1510 году на месте сгоревшей в 1508 году деревянной церкви, сменившей каменную церковь 1445 года, сооруженную на месте более древней постройки.

Строитель храма 1510 года Иван Сырков – родоначальник крупнейшей фамилии московских купцов, представители нескольких поколений которой упоминаются в новгородских и московских летописях XVI века. В 1537 году внук Ивана Сыркова строит придел; в конце XVI века в складах церкви хранится часть казны Ивана Грозного.

В приходе церкви жен-мироносиц родились преподобный Евфимий Суздальский (основатель Спасо-Евфимьевского монастыря в Суздале) и преподобный Макарий Желтоводский (основатель Макарьевского монастыря), они были прихожанами церкви.

В XVII веке деревянные приходские церкви стали менять на каменные. Церковь жен-мироносиц, построенная в 1649 году, стала первой приходской каменной церковью на Верхнем посаде и первым в истории древнерусского зодчества храмом типа «корабль» со строго осевым расположением алтаря, моленного зала, трапезной и колокольни. В погостовый ансамбль входили две церкви – теплая и холодная, объединенные в одном здании. В том же году двухъярусная церковь жен-мироносиц была освящена: первый этаж – в честь иконы Божией Матери «Знамение», второй – в честь жен-мироносиц. В 1805 году на средства нижегородского купца П. Переплетчикова к трапезной пристроили двухэтажный придел: внизу в честь апостолов Петра и Павла, вверху – в честь святого Евфимия Суздальского, в трапезной – в честь святого Макария Желтоводского. После пожара 1848 года была восстановлена фресковая роспись интерьеров, расширены приделы, в то время М.П. Дмитриевым были сделаны фотографии не существующих ныне пятиглавия и древних кованых крестов.

В XX веке церковь была закрыта, а в ее здании находился техникум легкой промышленности. В 20–30 годы XX века церковь лишилась колокольни, а также пятиглавия. Храм вернули Нижегородской епархии в 90-е годы XX века. От первоначальной постройки сохранилось только парадное арочное крыльцо. Были восстановлены главы церкви и колокольня. К началу 2007 года церковь жен-мироносиц полностью воссоздана в первоначальном виде благодаря сохранившимся фотографиям М.П. Дмитриева. Святыни храма: частицы мощей преподобного Макария Желтоводского и Унженского чудотворца, икона Александры, Марфы и Елены Дивеевских с частицами мощей.